飞船安全返航后，众人本以为能歇口气，可平静日子没持续多久。这天，飞船突然剧烈晃动，琉璃盯着不断闪烁的警报灯，声音都变了：“不好！检测到一股未知能量正在锁定我们，而且这能量波动和之前‘深渊之触’的装置完全不同！”
何燕赶紧召集大家，小萌抱着混沌核心，小脸满是担忧：“核心说这股能量很危险，好像是什么新型武器发出来的！”李君握紧光剑，警惕地看着四周：“难不成又有新的敌人冒出来了？”柳雅龙皱着眉头分析：“不管是谁，先做好防御准备！阿强，你去检查武器系统；琉璃，想办法干扰对方的锁定。”
阿强一边往武器舱跑一边喊：“放心吧！保证武器随时能开火！”琉璃则坐在操作台前，手指飞速敲击键盘：“干扰程序正在启动，但对方的技术很先进，不知道能撑多久。”
就在这时，飞船的通讯系统自动开启，屏幕上出现了一个全身笼罩在黑袍里的人，他的声音经过变声处理，听着让人直起鸡皮疙瘩：“哼，星际的守护者们，以为解决了‘深渊之触’就万事大吉了？你们太天真了。我是‘暗影之主’，这次，我要让你们为破坏我的计划付出代价！”
何燕大声质问：“你到底想干什么？”“暗影之主”发出一阵阴森的笑声：“我在你们的飞船上悄悄安装了‘空间撕裂器’，再过两个小时，它就会启动，到时候，你们的飞船会被撕成碎片！想要拆除？没那么容易，它被藏在飞船最隐蔽的地方！”说完，屏幕黑了下去。
众人一听，顿时紧张起来。小萌急得快哭了：“这可怎么办呀！”柳雅龙深吸一口气，镇定地说：“别慌，我们分工合作。琉璃，你用探测器全面扫描飞船，一定要找到‘空间撕裂器’；李君，你和我带着船员分段检查，不放过任何一个角落；何燕，你陪着小萌，用混沌核心感应一下有没有异常能量波动。”
大家迅速行动起来。琉璃紧盯着探测器的屏幕，眼睛都不敢多眨一下：“这东西藏得太隐蔽了，普通扫描根本发现不了，得调整一下频率……”李君和柳雅龙带着人，从船头搜到船尾，连通风管道都没放过。“柳哥，这边没发现！”“我这边也没有！”船员们的汇报声不断传来。
何燕和小萌在船舱里慢慢走着，混沌核心突然发出微弱的光芒。小萌眼睛一亮：“妈妈，核心有反应了！往那边！”他们朝着核心指引的方向走去，来到了飞船的储物间。可储物间里堆满了各种物资，想要找到小小的“空间撕裂器”谈何容易。
就在大家焦急万分的时候，琉璃突然大喊：“我找到了！在飞船的能源舱夹层里！但这东西周围有能量防护罩，强行拆除会提前引爆！”柳雅龙立刻带人赶到能源舱，看着那闪烁着幽光的“空间撕裂器”，眉头拧成了疙瘩：“这防护罩的能量波动很奇怪，常规方法根本破解不了。”
阿强挠挠头，突然说：“我记得之前在一次任务中，遇到过类似的能量防护罩，当时是用电磁脉冲扰乱了它的频率才破解的。不过，我们得制作一个更加强大的电磁脉冲装置。”琉璃眼睛一亮：“我有办法！把飞船的部分备用能源和我的小型干扰器结合，应该能行！”
说干就干，琉璃和阿强立刻开始制作电磁脉冲装置。与此同时，“暗影之主”又发来通讯：“还在找吗？别白费力气了！倒计时只剩一个小时了，哈哈哈哈！”何燕握紧拳头，冷冷地说：“你不会得逞的！”
经过紧张的制作，电磁脉冲装置终于完成。柳雅龙拿着装置，小心翼翼地靠近“空间撕裂器”：“我来启动装置，你们随时准备应对突发情况。”随着装置启动，一道强烈的电磁光芒笼罩住“空间撕裂器”，防护罩开始出现裂痕。
可就在这时，“暗影之主”似乎察觉到了什么，派出了一群小型战斗机器人袭击飞船。李君挥舞着光剑，冲在最前面：“保护琉璃他们！不能让这些机器人干扰装置运行！”船员们纷纷拿起武器，和机器人展开激战。
柳雅龙全神贯注地操控着电磁脉冲装置，汗水顺着额头流下来。“快了，防护罩快撑不住了！”他大喊道。何燕一边射击机器人，一边喊：“大家坚持住！”终于，防护罩“砰”的一声碎裂，柳雅龙迅速拆除了“空间撕裂器”。
众人还没来得及松口气，“暗影之主”愤怒的声音再次响起：“算你们侥幸！但这只是开始，我在各个星系都埋下了‘毁灭种子’，等着宇宙陷入混乱吧！”说完，他切断了通讯。
何燕看着伙伴们，坚定地说：“不管他有什么阴谋，我们都要阻止他！琉璃，能追踪到‘暗影之主’的位置吗？”琉璃摇摇头：“他的信号经过多重伪装，很难定位。不过，我可以尝试分析‘毁灭种子’可能出现的星系。”
经过一番分析，琉璃锁定了几个可疑的星系。何燕当即决定：“我们兵分两路，我带着柳雅龙、阿强和部分船员去其中一个星系探查；李君和琉璃留在飞船上，继续追踪‘暗影之主’的线索，同时保护好飞船和小萌。”
何燕带领的小队乘坐穿梭机来到了第一个目标星系。这个星系里布满了奇怪的陨石，陨石表面散发着诡异的红光。阿强操控着探测器，紧张地说：“这些陨石的能量反应很异常，好像被什么东西改造过。”
话音刚落，陨石群中突然射出一道道激光，穿梭机连忙躲避。柳雅龙盯着陨石群，大声说：“小心！这些陨石是陷阱！”何燕冷静地指挥：“分散队形，寻找激光发射源！”
在躲避激光的过程中，他们发现了隐藏在陨石群中的一个小型基地。基地门口站着几个身穿黑色战甲的守卫，他们手上拿着的武器，正是发射激光的装置。何燕低声说：“看来‘毁灭种子’就在这个基地里，我们悄悄摸过去，打他们个措手不及。”
小队成员小心翼翼地靠近基地，可还是被守卫发现了。“敌袭！”守卫们大喊着，举起武器发动攻击。柳雅龙甩出星陨锤，强大的力量直接击飞了两个守卫。何燕和阿强也迅速开枪，和其他守卫展开交火。
经过一番激烈战斗，他们成功冲进基地。基地内部错综复杂，到处都是通道和房间。“分头找，一定要找到‘毁灭种子’！”何燕下令。大家分散开来，仔细搜索每个角落。
阿强在一个房间里发现了一个闪着蓝光的球体，旁边的电脑屏幕上显示着“毁灭种子启动程序”。“在这儿！”阿强大喊。何燕和柳雅龙立刻赶过来，看着这个神秘的球体，一时不知道该如何是好。
就在这时，“暗影之主”的影像突然投射出来：“你们以为找到了就能破坏？太天真了！‘毁灭种子’一旦启动，除非有特定的密钥，否则谁都无法停止！而密钥，在我手里！”说完，他又消失了。
柳雅龙皱着眉头思考：“既然需要密钥，那这个基地里说不定有关于密钥的线索。大家再仔细找找！”于是，他们开始在基地里寻找线索。终于，琉璃在一个隐蔽的电脑文件里发现了一段加密信息，经过破解，发现是一串坐标。
“这会不会就是‘暗影之主’的藏身之处，或者密钥所在的位置？”琉璃猜测道。何燕看着坐标，果断地说：“不管怎样，我们都要去看看。全体集合，前往这个坐标！”
飞船朝着新的坐标出发，等待他们的，将是更严峻的挑战……