在崇祯皇帝的一系列铁腕手段之下，京师内部的政治风暴似乎暂时平息，朝堂之上，只剩下恐惧和顺从。但这并不意味着皇帝可以高枕无忧。真正的威胁，始终来自外部。他将目光，投向了京师的东北方向——那片关乎帝国生死存亡的战略要地，蓟州镇。
按照皇帝的旨意，一项规模浩大的工程，正在蓟镇残破的防线上展开。数以万计的士兵和被征调的民夫，开始在大将的监督下，修复坍塌的城墙，挖掘加深壕沟，重建废弃的墩台。京营的部分兵马，以及新近整编、尚需锤炼的团营部队，也开始陆续向此地调动。一时间，蓟镇这片久经战火、几乎已被朝廷半放弃的土地上，呈现出一派大兴土木、军马往来不绝的景象。
要重整蓟镇，必先委任良将。崇祯皇帝毫不犹豫地选择了在良乡、宣府两战中表现最为抢眼、忠勇可嘉的靖南伯黄得功。一纸诏令，黄得功被正式擢升为蓟州镇总兵官，并晋封为靖南侯！同时，他那位在黄村表现恭顺、在良乡也算“捡”了不少功劳的同僚唐通，亦被晋封为定西侯。皇帝就是要用这种不吝爵赏的方式，来激励武将，收拢军心。
黄得功受封蓟镇总兵后，立刻展现了他雷厉风行的作风。他将其麾下那支战斗力最强、在宣府之战中斩杀阿巴泰的“虎山营”精锐，作为核心力量，开始大力整顿蓟镇防务。然而，现实的困难很快便摆在了面前：钱粮短缺，器械不足，甚至连修补城墙所需的砖石木料都难以筹集。
急报雪片般飞往京师。崇祯看着黄得功呈上的奏报，眉头紧锁。国库虽因抄家而有所充裕，但开销更大，处处都需要用钱！他沉思片刻，下达了一道在许多文官看来“有伤体统”、“破坏古迹”的旨意：“传谕蓟镇地方官府及黄得功：凡蓟镇境内，所有早已废弃、无人驻守之明代旧屯堡、烽火台，准其就地拆除！所得砖石、木料，一律用以修补长城关隘及营寨城池！不得有误！” 在生存面前，所谓的“古迹”，又算得了什么？
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黄得功得了皇帝的全力支持和便宜行事之权，更是干劲十足，日夜督促军民，抢筑城池，加固关隘。然而，他这番“大兴土木”，很快便引来了朝中某些人的不满。
几名心怀怨恨的东林党御史，再次上疏弹劾，指责黄得功名为修筑边防，实则滥用民力，耗费钱粮，甚至“僭越”规制，所筑城池堡垒，有违朝廷定制，要求皇帝立刻下旨申斥，并派员查处。
崇祯看着这些弹劾奏章，心中冷笑。“又来了！这帮只知党同伐异、不顾国家安危的腐儒！” 他直接将奏章扔到一边，转而密令锦衣卫指挥使李若链：“派精干缇骑，秘密前往蓟镇，给朕查清楚！到底是谁在背后阻挠黄得功修筑边防？！又是谁在散布谣言，非议朝廷命官？！”
锦衣卫的效率极高。很快，调查结果便摆在了崇祯的御案上。果然不出所料，弹劾黄得功的背后，正是几名与东林党关系密切的地方士绅和被贬官员在暗中捣鬼！他们或因自家田产被征用，或因不满黄得功的“武夫”作风，便勾结起来，试图借朝中言官之手，给黄得功制造麻烦！
更让崇祯震怒的是，锦衣卫在进一步深挖之后，竟查获了其中一名为首的、曾在朝中担任过侍郎的致仕官员陈名夏，与关外建奴暗中通信的罪证！信中言语暧昧，虽未直接涉及叛国，但其与敌酋互通声气、甚至可能泄露边防情报的行径，已是罪无可赦！
“好！好一个‘清流’！好一个‘致仕老臣’！” 崇祯气得浑身发抖，“国难当头，竟敢与建奴私通！简直是猪狗不如！”
他当即下旨：“李若链！立刻将陈名夏及其所有涉案同党，全部给朕拿下！抄家！灭族！朕要让所有人都看看，通敌叛国者，是何下场！”
又一场针对东林党及其附庸势力的血腥清洗，由此展开！东厂、西厂、内行厂、锦衣卫同时出动，在京畿及周边地区大肆搜捕“陈名夏逆案”的牵连者。一时间，风声鹤唳，人人自危。许多仅仅是与陈名夏有过书信往来、或是曾经参与过东林集会的文人士子，都受到了波及，或被下狱，或被流放。后世一些同情东林党的文人，将崇祯末年这段厂卫横行、大狱频兴的时期，痛心疾首地称为“甲申暮秋冤案”，却往往刻意忽略了陈名夏等人私通建奴的确凿罪证。
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在用雷霆手段清除了内部的反对声音之后，崇祯皇帝得以更加心无旁骛地推行他的北疆防御战略。
黄得功在蓟镇站稳脚跟后，上疏建议：蓟镇防线绵长，关隘众多，仅凭总兵一人难以兼顾。为加强防御纵深和指挥效率，恳请陛下恢复旧制，于蓟镇之内，重设三屯营总兵官（昌平、蓟州、密云\/顺天三地各设一总兵，分管防区），与蓟镇总兵互为犄角，共同防御。
“准奏！” 崇祯对黄得功的建议大加赞赏，立刻采纳。
那么，谁来担任这至关重要的三屯营总兵呢？崇祯的目光，落在了那位刚刚在山东平定刘泽清叛乱中立下大功、其父杨肇基又曾在北方边镇享有极高声望的年轻将领——杨御藩的身上！
“传旨！” 崇祯下令，“擢升登莱总兵杨御藩，为三屯营总兵官！即刻率本部精锐，移师北上，赴任三屯营！朕望你，能继承你父忠勇之志，与靖南侯（黄得功）同心协力，为朕守好这京师的东北大门！”
杨御藩接到圣旨，激动不已！他知道，这是皇帝对他的极大信任，也是他实现父辈遗志、建功立业的大好机会！他立刻点齐兵马，拜别故土，意气风发地率领着他的四千精锐之师，踏上了北上蓟镇、守卫京畿的征程！
随着黄得功坐镇蓟州，杨御藩进驻三屯营，再加上西面宣府镇的高杰、大同镇的白广恩（虽然此二人忠诚度尚待考验，但至少暂时归附），以及宁武关死守的周遇吉，崇祯皇帝以雷霆手段，在短短数月之内，竟奇迹般地初步稳固和重整了整个北方防线！虽然流寇的威胁仍在，鞑清的铁蹄随时可能再次南下，但至少，大明王朝，似乎终于拥有了可以据守、可以反击的资本和希望！