发行军币一事搞定之后，刘錡终于下定决心，召集所有高级军官开会，彻底放弃了繁琐的宋廷武官制度，按现代军制进行了改革。
首先，刘錡成立“元帅府”，自封“大元帅”，并重新整合了战区，按政区分为陕西、甘肃、宁夏三个战区，战区最高军事长官为战区司令，每个战区下辖三个军，每个军下辖三个师，每个师下辖三个团。
每个团各配属步兵、火枪、骑兵、特种、后勤辎重五个营。步兵营下辖三个步兵连，火枪营下辖三个火枪连，骑兵营下辖三个骑兵连，特种营下辖一个炮兵连，一个侦察连，一个特务连，一个警卫连，一个通讯连，每连一百人。加上后勤辎重营六百人，合计每个团两千人。
每个师三个团六千人，再加配一个直属骑兵团一千人，共七千人。
每个军三个师两万一千人，再加配一个直属骑兵师三千人，一个直属炮兵团一千人，一个直属辎重团两千人，共两万七千人。
一个军区三个军八万一千人，加配一个直属加强警卫师九千人，共九万人。
三个战区二十七万人，加上“元帅府”直属禁卫军，三万人，兵员合计三十万。
这次整编把辅兵中的部分精锐，直接编成了正兵中的后勤辎重部队。剩下的辅兵作为保安军，负责各地的城防治安工作。
宁夏战区负责宋廷西面、金国西南面方面的军务，司令邵兴。第一军军长吴玠；第二军军长种浩；第三军军长种洌；警卫师师长薛坚。
甘肃战区负责夏国方面的军务，司令王猛。第一军军长康炯；第二军军长翟进；第三军军长曲端；警卫师师长薛刚。
陕西战区负责川蜀、云南方面的军务，司令史斌。第一军军长癿春；第二军军长何藓；第三军军长杨政；警卫师师长刘锐。
元帅府直属禁卫军则由刘錡亲领，下辖第一、第二两个禁卫师和一个教导师。每个师一万人，癿秋和刘仲武的亲兵统领刘贵各领一个禁卫师。教导师的兵员从全军中择优挑选，由刘錡亲自训练指挥，学习使用和配备最新装备，并向全军输送基层军官。
其次，成立的“元帅府”下设军令部、参谋部、后勤部、装备部、情报部、执法部。
军令部负责团以上各级军官的选拔、任免、轮换，部长刘锡；
参谋部负责战略战术的制订和落实，部长李孝忠；
后勤部负责粮草辎重的筹集和运输，部长常同；
装备部负责武器装备的研发、制造和维护，部长胡奎；
情报部负责建设发展间谍网，收集、分析各类情报信息，部长段景住；
执法部负责监督、处理各级军政人员的违法犯罪行为，下辖宪兵部队，部长刘镇。
当然，还有经过多年的训练发展，数量庞大、组织严密、已经无处不在的影卫作为最核心的隐秘组织，负责元帅府的保卫、对各部门官员的监控、情报收集和各种隐秘行动的执行。
同时，根据职务和战功分别设立了军职制和军衔制。
军职指的就是司令、军长、师长等各级部队的军事指挥员，由军令部考察、任免、撤换。
军衔则主要是根据积累的军功进行提升。刘錡自任元帅，之下依次为上将、中将、少将、上校、中校、少校、上尉、中尉、少尉九级。士兵分为上、中、下士和上等兵和列兵、普兵六级。
正常情况下，每位士兵须服满兵役三年，如无军功，第一年为普兵、第二年为列兵、第三年为上等兵。
如立有军功，可按军功大小，或者军功累积，升为士官或者以上高级军职。
士官服役期满，可按期退役，也可申请转为志愿兵，审核批准后，志愿兵每满三年可申请一次退役。
士官以下，禁止家眷随军。尉官以上为正式军官，不受兵役年限约束，可分配住房，家眷可申请随军，在军营内的军属区生活。
这次军改，刘錡在人员安排上费尽心机，也深感人手不足，下一步计划进行的政改估计难度更大，缺口更多。因此，刘錡下定决心建立了两所高级学校，一所叫武备学堂，一所叫政经学堂。
武备学堂一方面在全军招生，由各部推选优秀将士入校学习，另一方面，凡有志于军旅的读书人均可报名，经考核后入学，毕业后直接尉官起步，分配到各部担任基层军官，刘錡亲任校长。
政经学堂招收的全部有志于仕途的读书人，由刘韐担任校长，招聘已经退休的能员干吏做教员，教授各类政务。
熟知历史进程的刘錡马不停蹄地抓紧时间做着各方面割据自立的准备，可接下来到底该怎样做，却让刘錡纠结不已。
历史上，金军马上就会二次南下，掳掠徽、钦二帝北上，这个让后世汉人最耻辱的事件即将发生。作为穿越者的刘錡，到底该怎样做才好呢？
目前，以刘錡的军事实力，大概率可以阻止这一切的发生。
可阻止了又能怎么样呢？
赵佶再回去当皇帝？还是做太上皇？外敌未去，内乱又起。
不论是赵佶还是赵恒，有了自己这支战无不胜的铁军，这两个懦夫皇帝不但不会锐意进取，反而只会更加昏聩，拿将士们用鲜血生命换来的胜利当做投降乞和的筹码，甚至还会在背后给自己捅刀子，历史上的种师道、李刚的下场，刘錡是很明白的。材大古难用，功多忌更多，刘錡可不想步他们后尘。
只是这赵佶虽然是个昏君，但毕竟是个不世出的大才子，如果就这样没了，的确可惜！加上高俅在中间操作举荐，赵佶对自己还真心不错，信任有加！就这么不管不问，刘錡心里也的确愧疚，这个坎还真的过不去。
苦恼了好久，刘錡决定采取一个理论上对自己比较有利的方案，那就是在赵佶、赵恒被掳北上的路上，想办法把这两个皇帝给劫持回来。至于会不会给自己找麻烦，刘錡有信心自己比曹操做的好。毕竟那个时候，赵佶已经是太上皇了，赵恒虽然没有正式传位给赵构，但想必赵构不会再心甘情愿继续奉赵恒为帝，到时候只要赵构自立为新帝，自己手里拿着赵恒、赵佶，在政治上可操作的空间可就太大了。
不过这都是以后的事，看情况再说吧。