文明联盟还没来得及为战胜永恒之主松口气，新的危机就如同汹涌的潮水般扑面而来。永恒灯塔的警报器突然发出刺耳的长鸣，原本用来监测异常的设备接连爆发出电火花，屏幕上的画面扭曲成一团无法辨认的乱码。楚铮的“永恒洞察”能力毫无征兆地剧烈波动，他只觉得脑袋像要炸开一样，眼前不断闪过破碎的画面：漆黑的深渊中，一双巨大的眼睛缓缓睁开，无数星辰在那双眼睛的注视下化作尘埃。
“不好！有更强大的力量在靠近！”机械文明仅存的技术人员满头大汗地盯着仪表盘，手指颤抖着操作键盘，“根据初步检测，这股力量...完全超出了我们现有的认知范围！所有的测量数据都在疯狂跳动，根本无法计算它的强度！”全息投影中的宇宙星图变得模糊不清，一个个星系像是被无形的大手随意揉捏，有的正在快速坍塌，有的却又突然膨胀，整个宇宙的秩序都在被这股神秘力量无情破坏。
云曦的星芒母舰正在进行战后检修，舰体里到处都是忙碌的维修人员。可就在这时，“永恒引擎”毫无预兆地自动启动，喷出的幽蓝色火焰将周围的空间烧得扭曲变形。船员们惊恐地发现，自己的影子竟然脱离了身体，在墙壁上扭曲成各种诡异的形状，还不停地重复着同一句话：“真相即将揭晓，一切都将归零。”云曦紧紧抓住操作台，努力让自己保持镇定：“立刻定位能量来源！不管前方是什么，我们都必须勇敢面对！”
林夜的破晓小队正在探索一处古老的遗迹，希望能找到对抗未知威胁的线索。混沌天平上的“命运永恒”铭文突然发出刺眼的红光，天平的指针不受控制地疯狂旋转，仿佛在感应着什么强大的存在。李雪的意识火种变得忽明忽暗，她脸色苍白地说道：“我感觉到...有一个极其古老的存在正在苏醒，它的气息充满了毁灭的味道，好像能轻易抹去我们所有的努力。”林夜握紧了拳头，眼神坚定：“既然躲不过，那就迎战！我们走到现在，可不是为了轻易放弃！”
艾琳在“认知永恒圣殿”里整理着文明联盟的知识数据，突然，所有的显示屏都闪烁起来，出现了一行血红色的文字：“你们以为战胜永恒就是终点？太天真了。”紧接着，无数暗黑色的数据流如同凶猛的潮水，涌入网络系统，试图破坏好不容易建立起来的认知防线。艾琳咬着牙，快速敲击键盘：“绝不能让它们得逞！所有文明意识体，立刻启动防御程序！”
楚铮再次召集众人开会，这次的会议氛围比以往更加凝重。大家围坐在会议桌前，脸上都写满了担忧。“我们在永恒之心深处发现了一道暗门。”楚铮将暗门的影像投影出来，那扇门散发着神秘的气息，上面的符文像是活物一样不断蠕动，“根据目前掌握的线索，超越永恒的存在就藏在门后面，而这很可能就是我们一直寻找的终极真相，也是我们最后的挑战。”
为了应对即将到来的危机，文明联盟启动了“终末探索计划”。云曦带领团队对星芒母舰进行最后的升级改造，在舰体外部加装了全新的“真相护盾”，据说能抵御未知能量的攻击；林夜的小队领取了特制的“真相探测器”，希望能在探索过程中发现敌人的弱点；艾琳则在网络中构建了“真相防火墙”，防止敌人从意识层面发动攻击。而楚铮，他日夜研究银钥和暗门符文之间的联系，试图找到打开暗门的方法。
当一切准备就绪，楚铮带领舰队朝着永恒之心的暗门进发。越靠近暗门，周围的空间就越不稳定，时不时出现一个个黑色的漩涡，仿佛要将一切都吞噬进去。混沌之刃在楚铮手中微微颤抖，发出低沉的嗡鸣，似乎也在为即将到来的战斗感到紧张。
终于，舰队来到了暗门前。暗门缓缓打开，里面是一片漆黑的空间，只有远处闪烁着几点诡异的光芒。一个低沉而沙哑的声音在所有人的脑海中响起：“渺小的虫子们，你们竟然真的走到了这一步。但你们以为这样就能揭开真相？太可笑了！这里是一切的起点，也是一切的终点，你们的命运早已注定。”
云曦深吸一口气，大声喊道：“不管前方是什么，我们都不会退缩！一路走来，我们战胜了那么多强大的敌人，这次也一样能赢！”她下令启动“永恒引擎”，星芒母舰如同离弦之箭，冲进了黑暗中。
林夜的小队分散开来，利用“真相探测器”在周围搜索。突然，探测器发出急促的警报声，前方不远处，一个巨大的身影慢慢显现出来。那身影由无数光点组成，不断变幻着形状，每一次变化都让人感到一阵强烈的压迫感。林夜握紧混沌天平，喊道：“大家小心，这就是我们要面对的敌人！”
艾琳在网络中也没闲着，她带领着文明意识体组成的队伍，与试图入侵的黑暗数据流展开了激烈的战斗。“不能让它们突破防线！”艾琳一边指挥，一边不断修复着受损的防火墙。
楚铮看着眼前的敌人，举起银钥。银钥与暗门符文产生了强烈的共鸣，散发出耀眼的光芒。他大声喊道：“伙伴们，我们一路走来，靠的是团结和永不放弃的信念！现在，是揭开真相、守护宇宙的时候了！”随着他的一声令下，一场关乎宇宙命运的终极之战，正式拉开了帷幕……