七万川军、两万黔军、两万滇军，在平定奢安之乱后，内阁只是下令拆撤掉了大部不再适合征战的农夫，留下了十一万精锐部队，虽然这个举动增加了朝廷军费开支，他们也不是非常理解朱由校的这个举动意图是什么。
为什么在西南留下十几万大军？要知道这些军队都是以正规军的形式，一年需要支出二百二十万两军饷，算上杂七杂八的费用，三百五十万两白银的开销是包不住的。
朱由校的意图非常简单，一来是为改土归流政策保驾护航；二来也是为了防备抗拒这条政策的土司发起的另一场叛乱；三来，也是意指后世的乌思藏、青海二地。
一三七零年，大明大军进攻甘肃，所到之处，摧枯拉朽，乌思藏各界见状，纷纷表示投诚，明朝顺理成章地继承了乌思藏地区。
事实上，一个地区是否真正被管辖，应该遵循几个评判标准，首先是是否驻扎军队，其次是是否受到直接管辖，元朝时期，乌思藏是直接被派兵打下来的，这里的人口，户籍，税收，宗庙等等，都受到了元朝中央政府的严格掌控。
而明朝时期，既没有向这里派遣一兵一卒，也没有派官员直接管理，那就更谈不上税收了，由此，与其说这里是大明的疆土，倒更不如说这里像是一些对大明俯首称臣的番邦小国。
当年，太祖朱元璋认为，乌思藏地区地小民寡，而且环境很差，派遣军队驻守，除了徒耗民财之外，毫无意义。
一直到了永乐年间，成祖皇帝曾经想动用军队将乌思藏地区纳入中原，但却受到了乌思藏大宝法王的反对，驻兵之事也就不了了之。若是他们也知道，乌思藏后来会丢失，当时无论如何也不会贸然下这个决定。
在明朝相对繁荣的时期，本着薄来厚往的态度，对于乌思藏地区朝贡的团队，都给予大量赏赐，但随着明朝的逐步衰落，与乌思藏地区的联系也日益减少，一五七二年，乌思藏最后一次朝贡结束，此后，乌思藏与中原再无联系。
明朝对于乌思藏的管理疏于形式，很快就造成了乌思藏当地与明朝的离心离德，随着明朝势力的逐渐衰微，蒙古人再次越过甘肃地区，重新占据了青藏高原。
一五三二年，蒙古军队攻入青海，标志着，青海重新进入蒙古的手中，并在随后几十年时间内，蒙古人多次远征青藏高原。一五六九年，蒙古军队攻入乌思藏，一直到一六零三年，乌思藏的政教界彻底被蒙古控制。
自此，二百五十万平方公里的青藏高原，就脱离了大明的管辖，彻底地被蒙古人所吞并。
而朱由校屯兵十一万，目的就是为了彻底的从蒙古人手中收回青藏高原，作为后世来人，他自然是不会如此轻易的放弃青藏高原。国土面积就这么大，他可是一点都不会放弃的。为此，他更是在平息奢安之乱前就已经派出了军事情报局、经济情报局的番子，进入青藏高原，去寻找亲明的领主，并刺探敌情。
......
除了开始在乌思藏布局之外，海军都督府政委、前鸿胪寺少卿熊明遇奉旨在天启二年十二月出使琉球，因为这个时期的琉球已经被日本萨摩藩控制，这是朱由校绝对不允许的事情，别看这个群岛国只有五千平方公里不到的面积，人口不过二十万，但是它地处明日两国之间，是控制日本出海的一个关键点，掐住这里，就能遏制日本人的野心，只要是能让日本人不痛快的事情，朱由校都会去试着尝试一下。
万历四十八年九月十九日，尚宁王去世。当时的世子尚恭只有九岁，在三司官毛凤朝的倡议下，群臣遂奉尚恭之父尚丰为王，随后得到萨摩藩主岛津光久认可。 尚丰继位后的头等大事就是获得宗主国明朝的册封。他在天启元年就以琉球国王世子的名义请封，但因为没有“通国结状”而被拒绝。
且不论其他因素如何，尚恭身为琉球世子这一事实不容置疑。尽管他年纪尚幼，尚丰更是其亲父，但国家理法不可废，国之根本岂容废弃？又怎能听任私人擅自立王呢？此番熊明遇奉命出使琉球，便是要调查此事的来龙去脉。而朱由校之所以做出这样的安排，其目的正是要挑起琉球群岛内部的混乱局势，进而借此机会一举铲除盘踞在琉球的萨摩藩以及他们身后德川幕府的势力。
为确保此次行动能够顺利无碍地开展，由提督颜思齐，总兵戚兴国统率的东洋舰队倾巢而出。整整三百艘大小战舰浩浩荡荡地驶向大海，其所携带的兵员更是多达一万余人之众！这般规模宏大的舰队和雄厚的兵力配置，即便是应对一场强度较低的局部战争也足以应付自如、游刃有余。单就这二百艘主力战舰而言，它们已然具备了在日本沿海地区横行无忌的实力。
日本在丰臣秀吉统治时期，兵力达到了恐怖的五十万，大小战船将近万余艘，火绳枪更是装备了三十万支，火炮千门。明日朝鲜战争之后，日本兵力锐减至三十万，战船数量更是减少了六成。到了德川秀忠继位之后，更是采取了闭关锁国的政策，日本空有两千万人口，而海军却还是以小型战船为主。别说欧罗巴的风帆战舰，就是明朝的中式帆船都是日本人不敢直视的存在。
趁你虚弱之时，要你命，这就是朱由校信奉的教条。他为什么要组建三支拥有一千艘战舰的舰队呢？女真人虽然有沿海领土，可他根本不需要明朝组建如此庞大的舰队，毕竟战舰是不可能上岸的。
自然，这么多战舰就是为了日本与欧罗巴人准备的，经过两年的修缮以及新造，如今的东洋舰队焕然一新，除了舰载火炮的数量和口径还无法与欧罗巴风帆战舰相媲美，士兵的斗志，战斗素养是不输任何国家的。