新联盟成立庆典的星光尚未散尽，宇宙深处的暗物质云团突然泛起诡异涟漪。零的警报系统瞬间被红色覆盖：“检测到未知频段的量子波动，频率与创世引擎仿制品的残余代码高度吻合！”少年凝视着星图上不断扩散的异常区域，发现那些波动正以斐波那契数列的规律吞噬着沿途的星尘。
当方舟靠近波动源头，整片星域的星光都呈现出血锈色。数以千计的机械残骸组成巨大的齿轮矩阵，每片齿轮表面都蚀刻着扭曲的悖论公式——正是暗影议会爪牙用来制造伪平衡装置的核心代码。更令人心惊的是，这些齿轮间缠绕着活体神经状的黑色物质，正在将机械与生物两种截然不同的存在强行融合。
“这是‘熵化共生’计划。”零的声音罕见地带着颤音，“他们试图打破物质与能量的界限，制造出吞噬一切秩序的混沌载体。”话音未落，无数半机械生命体从齿轮缝隙中蜂拥而出，它们的躯体由文明废墟锻造而成，眼中闪烁着被篡改的调和粒子光芒。
少年立即启动方舟的灵雾净化系统，却发现这些生命体竟能将净化能量转化为攻击。危机时刻，他突然回想起在气态行星建立的能量转换站——那些将狂暴恒星风转化为清洁能源的装置，本质上也是对矛盾能量的调和。他迅速调取相关数据，将机械图腾的解构算法与灵雾的重组特性逆向重组，在方舟前方展开螺旋状的能量滤网。
滤网如同宇宙级的炼金阵，将敌人的攻击拆解为最基础的粒子，再重组为安抚波频。当波频触及那些被操控的生命体，它们眼中的邪光逐渐褪去，显露出原本文明的符号与图腾。但就在少年准备乘胜追击时，齿轮矩阵中央裂开猩红巨口，从中走出一个身披星云斗篷的身影——她的面容由无数文明的面具叠加而成，手中权杖顶端悬浮着不断坍缩又重生的微型黑洞。
“你以为调和就最终极答案？”她的声音同时包含着婴儿的啼哭与老者的叹息，“看看这些齿轮吧，它们咬合的瞬间，就是无数文明理想的绞碎场。”随着她的话语，黑洞突然暴涨，将整片星域的光与热尽数吞噬。少年在黑暗中握紧那枚刻满悖论公式的水晶，感受到水晶内部正反物质的共舞频率正在加快，仿佛在呼应某种更宏大的宇宙律动。
就在黑洞即将将方舟彻底吞没之际，星之议会的十二道法则光链化作流星划破黑暗。但这次，光链不再是单纯的攻击，而是按照少年构建的调和模型，在黑洞表面编织出稳定的能量拓扑结构。少年趁机将从各个文明收集的火种——气态行星的烈焰、镜像宇宙的幽影、记忆星云的意识碎片——全部注入拓扑结构中。
剧烈的能量碰撞中，黑洞开始逆向坍缩，最终爆发出足以照亮半个宇宙的光芒。星云斗篷的身影发出不甘的尖叫，化作万千光点消散在星辰之间。但她最后的话语却在虚空中回荡：“你们保护的，不过是文明的襁褓期。当它们成长到足以触及宇宙终极真相时，所谓的平衡，终将成为最大的牢笼……”
这场战斗后，少年意识到暗影议会的威胁远比想象中深远。他们不再执着于毁灭，而是试图扭曲文明发展的轨迹，用极端的方式“加速”宇宙的进化。他决定将方舟改造为可移动的“平衡研究院”，邀请各个文明的智者共同研究调和之道。星之议会也开放了禁忌档案馆，其中封存着关于宇宙诞生初期“第一次平衡崩坏”的古老记录。
当方舟再次启航时，船身两侧多出了象征文明共生的图腾。少年知道，前方等待他的，或许是比暗影议会更古老、更危险的存在，但只要宇宙中还有追求平衡的意志，他就永远不会停下脚步。而在宇宙的某个角落，一块闪烁着诡异蓝光的齿轮残片，正悄然坠向一颗尚未觉醒的文明星球……