西路进攻西华门的起义军则较为顺利，在太监杨进忠的接应下，全队四五十人迅速冲进城门。
他们经过尚衣监、文颖馆，朝着皇帝居住的养心殿进发。“兄弟们，越是顺利越要提高警惕。”教徒头目杨二雄嘱咐道。
一行人很快打到了隆宗门一带，皇帝办公之地养心殿就在眼前，情况岌岌可危。
就在这千钧一发之际，关键人物皇次子旻宁（即后来的道光帝）登场了。
当时，旻宁正在尚书房读书，听闻变故，瞬间展现出非凡的镇定与果敢。
他迅速组织侍卫抵抗：“王参将，你带一队人马支援东华门，左卫将军，你带一队人马去支援西华门。”
“遵命，”众人分头行动。
旻宁开始安慰太监惊恐的情绪，努力保持表面上的平静，避免引起更大的恐慌。
做完这些，旻宁手持鸟枪，登高望远，“砰砰”两声枪响过后，“扑通扑通”击毙两名试图翻门而入的教徒，稳定了宫中人心。
同时，他紧急调度城外兵力，一方面让太监取来刀剑和火枪加强防御，
另一方面将准备去滑县镇压李文成的火器营官军千余人调入宫内。
在旻宁的指挥下，清军在隆宗门下成功击败起义军。
随后，清军连日在宫中大肆搜捕起义者，并于十七日，将坐镇黄村等候消息的林清逮捕。
此时，正在承德避暑山庄游玩的嘉庆帝得到消息，震惊的半晌合不拢嘴，暗自思忖：
“我怎么如此招人恨呢？前有遭遇皇宫御厨陈德的贴身刺杀。今有天理教攻打皇宫，这幸亏是我来到了避暑山庄，否则后果……”
家里出了这么大的事，嘉庆立即中断“秋围”，火速“即命回銮”。
他要稳定朝中内外对他不满的情绪，在回京的半路上。
急不可耐便下了“罪己诏”，“京中之变，乃吾之过也——惊呼此次事变“酿成汉唐朱明未有之事。
回到紫禁城，嘉庆恨得牙痒痒，想看看给他制造难堪的林清长得什么模样，他要亲自审问林清。
中秋后的紫禁城，正是秋老虎肆虐的时候，天气闷热，外面下起了秋雨。
嘉庆帝在刑狱官员陪同下，迈步来到了天字第一号牢房。狱卒“啪嗒”打开了牢房的门。
嘉庆努力适应牢房内的视线，看到墙角有一个巨大的笼子，笼子下血迹斑斑，散发出霉臭味。
“抬起头来。”狱卒喝道。
朱漆囚笼的林清为之一震，他缓缓仰起脸，额角的刀疤在烛火映照下，蜿蜒如蜈蚣。
借着狱卒手中火把的光线，林清眯着眼，望着眼前矮胖的中年人，只见他身穿龙袍，上面的十二章纹闪着寒光。
林清断定眼前之人就是嘉庆。
他冷笑道：“万岁爷金銮殿坐腻了，跑来地牢看蝼蚁吗？”
“大胆狂徒！”嘉庆怒喝，脸上的青筋暴起。“你聚众谋逆，戕害宗室，可知罪？”
“罪？”林清突然发出刺耳的笑声，震得狱卒手中的火把簌簌掉火星，
“二十年一遇的大旱，河南百姓易子而食，京畿米价涨了三倍！可万岁爷的内务府，上个月还从暹罗进了二十船的龙涎香！”
嘉庆后退半步，锦靴碾碎了墙角的老鼠骸骨。
林清却撑起身子，铁镣哗啦作响：“白莲教刚平，天理教又起，为什么？因为百姓活不下去！
您以为杀了我林清，就能堵住天下人悠悠之口吗？”
“住口！”嘉庆的龙袍扫翻案几，砚台里的朱砂泼在林清囚衣上，宛如鲜血欲滴！
“朕承继大统，宵衣旰食……”
“” 哈哈哈！”林清打断嘉庆之言，狂笑道：“宵衣旰食？”他猛然扑到铁栏前，浑浊的瞳孔里燃烧着疯狂之火。
“河道总督每年贪没三百万两修河银，就连一个小小的书吏，每年都贪墨千两白银，
朝廷上上下下无官不贪，你这个皇上真是日理万机啊！
眼前的官场贪腐情况。您不知道？还是不愿知道？”
囚笼外，惊雷劈开雨幕。
嘉庆被质问的哑口无言，指甲深深掐进掌心，突然想起户部尚书前日密奏，直隶巡抚克扣赈灾粮的折子还压在御案最底层。
嘉庆为找回自尊，口中怒道：“狂妄至极，把他给我往死里打！”
嘉庆转身时，听见自己牙齿打颤的声音：“明日午时，菜市口凌迟！”
嘉庆声音听上去有点发颤，林清望着嘉庆远去的背影，开心大笑起来。
笑声中传来一道声音，似乎要撕破这黑夜雨幕，“万岁爷，您记住——天理循环，屡报不爽！”
雨越下越大，狼狈离开监狱的嘉庆，在廊下望着积水里破碎的灯影，
恍惚看见刑场上千万颗头颅落地，他们都睁着林清那样布满血丝的眼睛……
嘉庆处决了林清和太监刘得财等人。至此，京畿地区的天理教起义基本被镇压。
“……”
在直（河北）鲁（山东）豫（河南）三省交界地区，起义军同样面临着清军的疯狂围剿。
嘉庆帝在摆平林清后，迅速调兵遣将，派直隶总督温承惠为钦差大臣，带兵从北面包抄；
山东巡抚同兴在东面堵截；令河南巡抚高杞严防西南两路；又令山西大同镇总兵张绩“前往山外扼要处所驻扎”，
徐州镇总兵沈洪带兵“迅速由东南迎头北上”，两江总督百龄带兵驻扎徐州，防止起义军南逃。
一张有型的天网铺天盖地布置妥当。
为防万无一失，九月十七日，嘉庆帝再调陕甘总督那彦成任钦差大臣，“总统军务”，
并把固原提督杨遇春和清军官兵二万余人调到河南，托津为监军驻守直隶开州督战，逐渐对起义军形成严密军事包围圈。
同时，清政府命令地方官吏组织乡勇，实行坚壁清野，截断粮食和饮水，逼迫起义军投降。
九月下旬，清军向直鲁两省起义军发起进攻。
十月上旬，山东起义军的主要据点定陶、扈家集和曹县先后被清军攻下。
在直隶的开州、东明、长垣等地，由于起义队伍分散，缺乏统一指挥，在清军三次攻势下，接连丢失据点。
到此时，山东、直隶地区的起义军主力基本被消灭，只剩下河南滑城、道口、桃源三个据点。
在随后的战斗中，清军于十月二十七日分七路攻下道口，进而包围滑城。
起义军顽强抵抗，但因力量悬殊，道口失陷，李文成率四千人突围至辉县，最终被清军围困在郊外。
起义军此时还剩480人，走投无路之下，李文成和信众逃进了碉楼。
随后，清军团团围住碉楼，清军士兵奉命向里面喊话：
“李文成你被包围了，赶紧出来投降。如果投降，可放过你的部下，否则大家只有死路一条。”
碉楼里传来信徒的回答：死则死矣，何必多费口舌。我们不交出教主。”里面的人誓死不投降。
直隶总督温承惠下令：炮击碉楼。李文成看看再无生路，举火自焚而死，所有教众无一逃离，上百人殉教而死。
至十二月，钦差大臣那彦成与提督杨遇春完全平定各路乱军，教首冯克善和他的连襟牛亮臣被俘，钦差大臣劝降，二人誓死不降，最后被凌迟处死。
此时有人劝冯克善的妻子带着孩子赶紧逃离，冯妻将幼子托付给乡亲，
她擦干眼泪，持刀率众信徒死战清军，最终寡不敌众，跳崖而死。
跟随她的5000信徒，纷纷跳崖殉教而死，鲜血喷溅四处石壁，其惨状触目惊心。
至此，直鲁豫天理教起义彻底失败。
起义虽然最终以失败告终，但它给清王朝以迎头痛击，其震撼人心不亚于十二级地震。
前一次是贴身刺杀，这一次是直捣皇宫，每一次都朝着清王朝的心窝上捅！令嘉庆帝惊恐万分。
意外收获还是有的，皇次子旻宁在此次事变中的出色表现，为他日后继承皇位增添了重要筹码。
凭借在此次事变中的功绩，旻宁被封为智亲王，所使用的枪被命名为“威烈”，他的名字与后来的道光朝有了联系。