太宗十三年（1241）冬，哈拉和林笼罩在不祥的阴霾中。窝阔台汗在狩猎归途中突然中风驾崩，终年五十六岁。耶律楚材闻讯赶往万安宫，只见宫门紧闭，乃马真皇后已掌控朝政。
皇后有旨：国丧期间，一应政务暂由奥都剌合蛮处理。守宫侍卫传达着令人震惊的消息。
耶律楚材愕然。这个奥都剌合蛮本是西域商人，靠进献珍玩取悦乃马真后，如今竟要执掌朝政？他强压怒火，沉声道：老臣请求面见皇后。
在偏殿中，乃马真后神色冷漠：先帝猝逝，皇子年幼。奥都剌合蛮熟悉钱谷，暂理朝政有何不可？
耶律楚材跪谏：皇后！奥都剌合蛮乃商贾之辈，岂可执掌国柄？且我朝有中书省，有左右丞相，何须外人干政？
这时，奥都剌合蛮手持空白盖印御纸走进殿中，得意洋洋：皇后已准臣用御宝空纸，便宜行事。
耶律楚材勃然变色，挺身直谏：天下者，先帝之天下。朝廷自有宪章，今欲紊之，臣不敢奉诏！
乃马真后拂袖而起：老相公是要违逆本宫吗？
这场冲突只是开始。次年春，奥都剌合蛮提出扑买课税之策，愿以二百二十万两白银承包中原赋税。乃马真后大喜过望，立即准奏。
耶律楚材闻讯，连夜求见：皇后！此例一开，祸患无穷。扑买之人必加倍征收，民不堪命，必生变乱！
奥都剌合蛮阴冷一笑：老相公是怀疑在下的能力？
耶律楚材怒目而视：你以二百二十万两扑买，至少要征收四百万两才有利可图。如此盘剥，百姓何以生存？
乃马真后不悦：老臣未免过虑。
耶律楚材慨然言道：老臣事太祖、太宗三十余年，无负于国。今日宁可死于此地，也绝不奉此乱命！皇后岂能以官爵博奸人之欢心？
这番话深深刺痛了乃马真后。从此，耶律楚材被排斥出权力中心。奥都剌合蛮的党羽遍布朝野，他们更改税制，横征暴敛，中原百姓怨声载道。
耶律楚材忧愤交加，一病不起。在病榻上，他仍坚持批阅公文，得知河南路因强征赋税激起民变时，他老泪纵横：此皆老臣之过也！
一日，年轻的那颜忽必烈前来探病。这位太弟拖雷的第四子，一直对耶律楚材执弟子礼。
先生保重身体。忽必烈关切地说。
耶律楚材握着他的手：殿下记住，治国之道，在得民心。今扑买之制，实为取乱之道。
他强撑病体，为忽必烈讲解《资治通鉴》，特别指出历代兴亡之迹：秦始皇以严刑峻法亡，隋炀帝以劳民伤财灭。今若不行仁政，大蒙古国危矣！
太宗后四年（1244）春，耶律楚材病情加重。他自知不起，开始整理毕生治国心得。在摇曳的烛光下，他伏案书写临终上表。
臣耶律楚材冒死上言：臣本辽室遗胤，遭逢圣世，荷蒙知遇，三十余年......
写到动情处，他咳嗽不止，墨迹被鲜血染红。儿子耶律铉含泪劝道：父亲保重身体，这些政务就放下吧。
耶律楚材摇头：此言不进，死不瞑目。
他提出着名的治国十策：
其一，信赏罚。功必赏，罪必罚，则令行禁止。
其二，正名分。官有常职，爵不虚授，则朝廷肃穆。
其三，给俸禄。养廉以禄，则官吏不贪。
其四，官功臣。功臣子孙，宜加优待......
每写一策，他都详细阐述实施方略。写到均科差时，他特别强调：今扑买之制，最为害民。宜速罢之，恢复常制。
当写到务农桑时，他忆起当年在开州劝课农桑的景象，不禁长叹：农为邦本，本固邦宁。今中原疲敝，宜轻徭薄赋。
完成十策时，已是黎明。耶律楚材将奏疏交给耶律铉：待我去后，呈交朝廷。又取出珍藏的《西征庚午元历》手稿：此历法可传后世。
五月十四日清晨，耶律楚材沐浴更衣，端坐榻上。他让家人取来成吉思汗所赐宝剑、窝阔台所赐官服，整齐摆放面前。
我本契丹遗族，幸遇明主，得展抱负。虽未能尽如人意，然保全生灵、延续文脉之事，亦足以告慰平生。
他最后望了一眼窗外的蓝天，低声吟诵自己的旧作：
破碎山河入战图，生民何计乐樵苏......
声音渐微，这位一代名臣溘然长逝，享年五十五岁。
消息传出，举国震动。蒙古诸王、百官士庶痛哭失声。特别令人感动的是，许多普通百姓自发戴孝，如丧亲戚。
在燕京，商人罢市，工匠停工，学子绝音乐，以此悼念这位保护过他们的贤相。编修所的学者们聚在一起，回忆耶律楚材抢救典籍的往事，无不潸然泪下。
真金太子闻讯，从和林疾驰而至，抚棺痛哭：天不欲平治天下耶？何夺吾先生之速也！
最令人意外的是，曾被耶律楚材多次谏阻的察合台亲王，也派使者送来祭文：先生在世，吾常厌其直言。今先生逝，乃知直言之贵。
乃马真后迫于舆论压力，下令厚葬。但奥都剌合蛮暗中阻挠，企图降低葬礼规格。这时，一向沉默的拖雷王妃唆鲁禾帖尼站出来说话：耶律相公三朝老臣，理应厚葬。这才使葬礼得以顺利进行。
下葬那日，送葬队伍绵延十里。有中原儒生，有蒙古那颜，有西域工匠，有契丹故旧。他们来自不同民族，却共同哀悼这位超越民族界限的贤相。
在整理遗物时，人们发现耶律楚材家无余财，唯琴砚十余张，古今书画、金石、遗文数千卷。他生前所用衾枕，竟然打着补丁。目睹此景，就连奥都剌合蛮的党羽也不禁汗颜。
耶律楚材去世后，他预言的祸乱果然发生。由于扑买制盘剥过甚，中原民变四起。乃马真后执政五年间，大蒙古国政事日非。直到贵由汗即位，才重新起用耶律楚材推荐的儒士，逐步恢复其制定的制度。
元世祖忽必烈即位后，追赠耶律楚材为太师、上柱国，追封广宁王，谥号。他推行的许多政策，特别是中书省制度和科举制度，成为元朝的立国基础。
在燕京长春宫（今北京白云观）内，后人设立耶律楚材祠。祠中悬挂着他临终前所书对联：
得士则昌，失士则亡，古今至理；
利民者荣，害民者辱，天地公心。
这副对联，道尽了他一生的政治理想。
明初修《元史》，在《耶律楚材传》后论赞：
耶律楚材以一书生，孤立于朝堂之上，欲化征伐之世为礼乐之邦，其志可谓大矣。观其止杀戮、兴文教、定制度，所全活者不知几千万人。虽功业未竟，然开太平之基者，实自耶律楚材始。
三百年后，清乾隆帝巡幸北京，特往耶律楚材祠祭拜，赋诗赞曰：
辽金世胄侍元廷，济世贤良惟耶律楚材。
一言止杀功难没，万古流芳誉自彰。
历史的尘埃落定，耶律楚材这个名字，作为乱世中的文明守护者，永远铭刻在中华民族的记忆中。他的理想，虽未能在生前完全实现，却如暗夜中的明灯，照亮了后来者前行的道路。