“定远”号编队与深海变异体的遭遇战报告，如同一块沉重的巨石投入吕宋基地的决策层，激起的涟漪远超一场小型军事冲突本身。它证实了“圣主”的威胁已从抽象的能源争夺，演变为具象的、不断增殖的生态灾难。整个南洋体系的战争机器，在略显仓促但目标明确的状态下，开始向应对“生物殖装”威胁倾斜。
《紧急提案》迅速获批。一支由三艘最新服役的“破浪3型”战舰为核心，配备加强版深水炸弹、实验性主动声呐以及临时加装了大功率外部放电装置（利用改进的莱顿瓶组，试图对抗电击生物）的“深渊应对特种舰队”开始组建，由李参将直接指挥，在吕宋外海进行高强度适应性训练。
陈默的“雷霆司”几乎将所有非核心项目暂停，全力攻坚“净化”武器。燃料空气炸弹的原理验证取得了突破，但安全可靠的投送和起爆方式仍是难题。大功率声波发生器（“惊魂号角”）的原型机在陆上测试中，成功将一小片区域内的实验动物（包括被麻醉的变异体组织）震得内脏破裂，但其体积、能耗以及对友军的潜在影响令人担忧。强效化学灭杀剂的研制则陷入了困境——既要能有效破坏“活体金属”与生物组织的结合，又要避免对海洋环境造成不可逆的毒害，难度极高。
然而，真正的突破，却发生在看似最不靠谱的“御灵”项目上，源自一次意外的实验事故。
玄玑子为了探寻更高效的灵能引导方式，在高度冥想状态下，再次尝试与实验室制造的强电磁场共振。这一次，他不再试图用意识去“控制”或“引导”场域，而是摒弃杂念，将自己完全沉浸其中，试图去“理解”其波动与韵律。就在他心神与场域达到某种微妙平衡的刹那，连接在他身上、用于监测生命体征和脑波活动的、由陈默团队特制的高灵敏度仪器，突然捕捉到了一系列前所未有的、剧烈而有序的波形！
几乎同时，放置在实验室角落、一块来自星陨遗民飞船的小型、已失去活性的金属残片，竟发出了微弱的、与玄玑子脑波频率谐振的荧光！
“停！记录所有数据！”陈默第一时间冲进实验室，声音因激动而颤抖。
后续的分析耗费了数日。当数据图谱与理论模型摆在凌云面前时，连他也感到了深深的震撼。
“这不是简单的生物电或心理暗示，”陈默指着复杂的波形图和能量谱分析，“玄玑子道长在特定状态下，其意识……或者说一种高度有序的量子层面的信息集合体，能够与宏观的电磁场发生强耦合！他不是在‘发出’能量，而是在‘调制’环境中的基础场！那块星陨遗物，其材料本身就能响应这种特定模式的‘调制’！”
玄玑子本人的感受更为直观：“贫道感觉……并非在驱使外力，而是一瞬间，自身意念与周遭的‘道’——大人称之为基础物理规则——短暂相合。念动则场变，仿佛……意念本身，就是一种更精微的‘力’。”
这个发现，初步揭示了“灵能”的可能本质：它并非虚无缥缈的超自然力量，而是高度发达的意识（可能涉及大脑未知的量子过程）对宇宙底层物理场（很可能是电磁场，或与之紧密相关的场）进行有序干涉的一种现象！星陨遗民的技术，很可能就是建立在彻底理解并掌握了这种“意识调制场”能力的基础之上。
而“圣主”，作为星陨遗民技术的畸形产物，其冰冷意志本质上也是一种强大的、但可能走向歧路的“意识场”，它之所以能进行生物殖装，或许正是利用其强大的场域干涉能力，在微观层面强行修改了生物体的物质结构和能量状态！
“我们需要量化它！”凌云目光灼灼，“找到意识调制场的强度、范围、频率、能耗之间的数学关系！如果能找到规律，我们或许就能制造出不需要玄玑子道长这样特殊天赋也能激发和控制的‘灵能发生器’！或者，至少能大幅提升‘御灵’护盾的效率和稳定性！”
“御灵”项目由此进入了一个全新的阶段，从依赖个人感悟的玄学尝试，转向了基于数据和模型的科学研究。玄玑子成为了最关键的“实验仪器”和“研究对象”，他与陈默的团队开始了紧密的合作，试图绘制出“意识-场域”相互作用的“图谱”。
与此同时，京城的暗流并未停息。天津卫格物分苑的建立，触动了许多人的神经。保守派文官们无法公开反对皇帝首肯、利在漕运的事情，便转而攻击格物分苑“招收生徒，不分良贱，有教无类，败坏礼法”，甚至有人捕风捉影，弹劾分苑“夜间常有异光闪烁，恐行巫蛊厌胜之事”。
这些攻击虽然暂时无法动摇格物分苑的根基，但却成功地在朱棣心中埋下了一丝疑虑。皇帝一方面享受着技术带来的便利和军事优势，另一方面也对这种脱离儒家经典、自成体系的知识传承方式感到本能的不安。他下了一道中旨给凌云，措辞温和但意图明显，询问格物之学“其理源于何典？其法可合于王道？” 这无异于要求凌云为“科学”寻找一个符合传统意识形态的“名分”。
这是一个比应对深海怪物更加棘手的挑战。科学与儒家思想的根本范式不同，强行附会只会不伦不类。但皇权的压力必须回应。
凌云沉思数日，召集了吕宋基地内几位学问渊博、思想相对开明的原儒生出身的技术官员和学生，进行了一次秘密会议。
“格物致知，本出自《大学》。”凌云开宗明义，“吾等所为，不过是将‘格物’二字，做得更彻底些。昔日朱子格竹，七日不得其理而病倒。今吾等格一草一木、一格一石，乃至格这电光火石之力，皆需观测、实验、演算、验证，此乃‘即物穷理’之实学，正是为了探求天工造物之真谛，何尝背离圣贤之道？”
他定下基调：不直接挑战儒家意识形态，而是将其中的某些概念（如“格物致知”、“经世致用”、“天工开物”）进行重新诠释和扩展，将科学技术包装成一种更务实、更深入的“实学”或“新学”，是儒家思想在新时代的发展和补充。
在此基础上，他亲自执笔，开始撰写一篇名为《格物真源疏》的长篇奏章。文中，他极力避免使用过于离经叛道的词汇，而是用“体察天工”、“穷究物理”、“利国惠民”、“强兵富国”等儒家能接受的语言，来阐述科学技术的重要性。他将电光解释为“阴阳相搏之精微显化”，将蒸汽动力解释为“水火既济之力巧驭”，将数学、物理视为“度量天地之准绳”，试图在传统的话语体系内，为科学争取一席之地。
这是一次艰难的思想嫁接。他知道这并非长久之计，科学的思维方式终将与儒家传统发生更激烈的冲突。但在羽翼未丰之前，他需要这层保护色。
奏章写成，用快船送往京城。能否说服朱棣，或者至少暂时安抚住他，凌云心中并无十足把握。
就在奏章发出的第二天，“深渊应对特种舰队”的训练海域传来紧急消息：他们在一次模拟对抗中，声呐发现了多个高速、小体积目标集群，其运动模式与之前遭遇的变异体高度相似，但更加灵活，而且……似乎具备某种简单的战术配合！
“圣主”的深渊军团，并未留给凌云太多准备时间。它们在学习，在进化。
吕宋基地内，灯火通明。一边是实验室里，玄玑子与陈默团队废寝忘食地探索着意识与场域的奥秘；一边是造船厂中，焊花四溅，工人们日夜不停地为战舰加装新型武器和防护；另一边，凌云的书房里，关于意识形态和未来道路的思考与论辩也从未停止。
科技、军事、思想，三条战线同时承受着压力。而遥远的南方深海，那孕育着恐怖的黑潮，正在缓缓涌动。