光绪七年（1881年）的北京之秋，对于左宗棠而言，格外的清冷和萧瑟。军机处值房内，那无形的壁垒似乎比紫禁城的宫墙还要厚实。他那些雷厉风行、旨在富国强兵的方略，无论是练旗兵还是修畿辅水利，在京城这潭深不见底的政治泥沼中，要么寸步难行，要么被扭曲得面目全非，最终只落得个谤议满京城、壮志化尘烟的结局。
他与恭王、宝鋆等军机同僚，表面上维持着客套，实则格格不入。他那套西北带来的直率作风和“英雄欺人”的霸气，在讲究平衡、含蓄乃至背后运作的枢垣之中，显得如此突兀和刺眼。他感到前所未有的掣肘与憋闷，仿佛一只被囚禁在精致鸟笼中的苍鹰，空有搏击长空之志，却连展翅都困难。剧烈的咳嗽时常袭击着他，太医诊脉，私下摇头，暗示他“郁结于心，非药石所能速效”。
朝廷中枢也渐渐觉得，让这位功高盖世却难以驾驭的老帅留在眼前，既是浪费其才，亦恐生事端。恰逢两江总督出缺，这片囊括江南富庶之地、兼管南洋通商并肩负海防重任的疆域，需要一位有魄力、能镇得住场面的重臣。于是，一番运作之下，光绪七年十月，明发上谕：“大学士左宗棠着调补两江总督兼南洋通商大臣，迅赴新任，毋庸来京请训。”
消息传出，有人惋惜，有人暗喜，也有人如释重负。对左宗棠自己而言，这无疑是一次解脱。离开北京这个让他倍感压抑的是非之地，重返能够独当一面的封疆大吏任上，犹如猛虎归山，蛟龙入海。
离京前，他去辞别醇王。醇王在颐寿堂接待他，气氛已不似往日热络。那幅曾经象征“亲密”的合影，还挂在墙上，此刻却显得有些讽刺。
“季翁此去两江，责任重大，东南半壁，赖兄镇守。”醇王的话说得冠冕堂皇，“望兄善加调理，早日康复，为国珍重。”
左宗棠心中明镜似的，知道这位王爷已无意再与他深交，便也客套回应：“谢王爷挂念。臣此番南下，必当竭尽驽钝，整饬两江吏治，讲求海防，不负朝廷重托与王爷期望。” 他只字不再提练旗兵或畿辅水利，那些已成泡影的旧梦。
离开醇王府，左宗棠抬头望了望北京灰蒙蒙的天空，长长吐出一口积郁已久的闷气。他吩咐随从：“尽快打点行装，早日离京！”
两江总督驻节江宁（南京）。当左宗棠的座船抵达下关码头时，江宁文武百官早已列队迎候。与北京城内的压抑不同，这里的空气中似乎都弥漫着一种更为务实、甚至略带紧张的气息。江南官场早已风闻这位左侯爷的脾气和手段，人人屏息凝神，不敢怠慢。
接篆仪式结束后，左宗棠立刻在总督衙门大堂召见属下主要官员。他端坐堂上，虽面容清癯，咳嗽不时打断他的话语，但那双眼睛依然锐利如电，扫视之下，令人不敢直视。
“本部堂奉旨督两江，”他的声音带着湘音，却字字清晰，掷地有声，“首要在于兴利除弊，固我海疆。以往种种因循懈怠之风，自今日起，务必革除！诸位当实心任事，若有阳奉阴违、疲玩废弛者，”他停顿了一下，目光更加凌厉，“莫怪本部堂不教而诛！”
一番开场白，已然定调。他没有像在京城那样需要处处顾忌同僚和亲贵的脸色，在这里，他就是最高权威。接下来的日子，左宗棠展现出惊人的精力和霹雳手段。
左宗棠深知江南为财赋重地，而水患是心腹大患。到任不久，他便亲自乘船，沿长江、运河巡视，视察江堤、海塘。时值冬春之交，寒风凛冽，随行官员劝他在官舱听取汇报即可，他却执意上岸，踩着泥泞，查看堤防薄弱之处。
在扬州附近的一段江堤上，他指着一段明显偷工减料的堤坝，对当地知府厉声斥责：“如此要害工程，竟敢如此草率！若遇汛期，溃堤决口，淹田毁屋，尔等岂非民之罪人？！” 知府吓得面如土色，跪地请罪。左宗棠当即下令将其革职查办，并限令接任者立即组织民工加固堤防，所需款项，由藩库先行垫付，不得延误。
他并非一味强横，在水利工程上，他吸取了畿辅的教训，更加注重征询有经验的河工和地方士绅的意见。一次，关于疏浚吴淞江的路线，幕僚与地方官意见不一，争执不下。左宗棠并未轻易下结论，而是连续几日亲自乘小舟勘察河道，访问沿岸老农，最终拍板定案，其方案竟比许多纸上谈兵的规划更为合理可行。他对手下说：“治水如用兵，须知天时、地利、人和，岂可坐在衙署内空谈？”
两江盐务，积弊已久，官商勾结，中饱私囊，是国家财税的一大漏洞。左宗棠决心整顿。他深知盐务水深，牵涉极广，便采取了擒贼先擒王的策略。
他首先密派得力干员，暗中查访两淮盐运使司的账目和关节。很快，证据指向了盐运使英茂及其与扬州大盐商的利益输送网络。左宗棠不动声色，以商议盐政为名，将英茂召至江宁。
在总督衙门书房，左宗棠并未疾言厉色，而是将一叠密查账册轻轻推到英茂面前，语气平淡却透着寒意：“英大人，这些数目，你可看得明白？”
英茂只翻了几页，便汗如雨下，扑通一声跪倒在地：“卑职……卑职糊涂！求中堂大人开恩！”
左宗棠冷哼一声：“开恩？朝廷待尔等不满，尔等却蛀空国帑，对得起朝廷，对得起百姓吗？”他随即下令将英茂革职拿问，抄没家产，并雷厉风行地推行“票盐法”改革，减少中间环节，试图降低盐价、增加税收。此举触动了庞大的既得利益集团，一时间，匿名揭帖、谣言中伤纷纷指向总督衙门，甚至有人暗示要动用京中关系弹劾左宗棠。但左宗棠毫不畏惧，对亲信说：“老夫西北死人堆里爬出来的，还怕这几只宵小之辈的恫吓？但有一口气在，此事必办到底！”