此役后，朝廷鉴于流寇“分兵流窜”的战术使明军疲于奔命等特点，崇祯帝采纳给事中常自裕的建议，于崇祯九年三月正式确立“分区围剿”策略。
命令中命洪承畴专治西北，卢象升升任七省总理，专制中原和东南，总理直隶、河南、山东、湖广、四川军务。
卢象升的七省“总理”侧重统筹跨区域军务，职权更偏向军事指挥，统筹中原及东南战事。这一分工旨在集中兵力遏制流寇的跨省流窜。
而流寇在陕西湫头镇击杀曹文诏后，分兵流窜至河南、湖广等地。
崇祯九年正月，高迎祥部在安徽滁州遭新任七省总理卢象升所领明军主力重创，残部约两万余人经河南退入湖广。
流寇主力率残部十余万人向豫西南撤退，试图依托南阳盆地的山地屏障重整旗鼓。
卢象升亲率关宁铁骑及楚、秦明军约三万人，自滁州沿南阳古道追击。为彻底歼灭敌军，卢象升制定了“分进合击”策略。
闯贼则趁洪承畴主力被牵制在陕西之机，率部从河南再次突入陕北，试图联合当地义军恢复势力。
正月下旬，卢象升以七省总理可节制川军的权力，传檄特调川东参将杨凡北上协剿，言明其他川军不可动，只让川东营即日北上。
此时距离川东营离开汉中返回驻地休整，已经过了一年有余，杨凡无理由拒绝。
正月底，川东参将营誓师出征。
此番出征，全军五局组六个步兵司，三个千总部，步兵共计三千七百零五人。
此外炮兵队新设炮兵队官一人，副队官一人，原有的二十门四磅炮改为骑炮队，再新增四十门六磅主力步炮组，每组六名炮兵，辅兵不计，计三百六十二人。
另有预备役三百人；散兵司下辖散兵一百八十七人；军情司下辖夜不收三百六十三人；亲兵司六百人。
除此之外还有新立骑兵司，已完成全部作战训练，由虎洪烈率领，尚不整编，共计四百八十四人。
川东游击营出征总兵力计六千零一人，不含后勤辎重队。
七省总理卢象升约定的汇合地点是郧阳。根据赞画房推演计划，增援郧阳的最优行军路线依旧以水路为主、陆路为辅。
全军行进将依托长江水道与湖广官驿道，兼顾速度与补给。沿长江东下，这是湖广地区最便捷长途机动路线，从重庆出发，经涪陵、万县、夔州、夷陵，最终抵达荆州府。
再由从荆州府北上，走荆襄驿道，经荆门州，直达襄阳府。
休整后从襄阳府西北行，沿襄谷驿道至谷城县，再向西南走驿道，直达郧阳府。
当杨凡率军与卢象升汇合时，卢象升正在南阳、裕州七顶山等地围堵闯贼高迎祥，并且联合了湖广巡抚王梦尹、郧阳抚治宋祖舜，在汉江沿线布防，试图将高迎祥困死在郧阳山区。
在这之前，也就是杨凡行军而来的途中，流寇奔退至开封以南的朱仙镇，试图依托黄河渡口组织防御。
卢象升则指挥关宁铁骑发起突袭，祖宽率部趁夜突破农民军防线，明军以“三叠阵”火器、弓弩、骑兵交替推进分割敌军。农民军溃败后，向南阳方向逃窜，沿途丢弃辎重无数。
以闯营为主的数股退至南阳东北的七顶山，利用山势布防，以骑兵驻守山顶开阔地，居高临下冲击来犯明军；步兵则依托山险构筑防线，设置拒马、滚木等障碍。
七省总理卢象升麾下祖宽的关宁骑兵从南麓仰攻数次，以重箭压制山顶守军，同时以“车营”掩护步兵推进，但均损失惨重，难以寸进，麾下焦头烂额。
此时正逢杨凡率部赶到，卢象升大喜，亲自率天雄军亲兵奔出数里迎接。
眼见杨凡军容相比康宁坪之时更盛，火炮增加了三倍不说，步兵也增加了三成，更有新立的数百骑兵。
卢象升当夜召集诸部明军展开军事会议，最后商议明日击溃据七顶山而守的流寇。
次日，当杨凡的川东营大旗立在七顶山南麓后，流寇观之大乱。
紧接着，便见到川东营推出六十门炮，开始朝南坡劈头盖脸地倾泻炮弹。
熟悉的大旗，熟悉的火炮射速，七顶山流寇大溃。
卢象升又派祖宽、李重镇率部绕道北麓，突袭流寇辎重营地。其点燃篝火制造假象，流寇误以为被合围，军心大乱。
连续数波进攻被川东营击溃后，只留下遍地横尸。随着其他部明军发起总攻。
祖宽率领关宁骑兵趁流寇混乱之际突破防线，与李重镇会师山顶。高迎祥亲率“老营”试图突围，但川东营以火炮燧发铳配合骑兵冲锋，将流寇压缩至山谷。
高迎祥、李自成率千余骑从西侧突围，其精锐老营折损严重。
此战明军斩获首级数千，缴获战马两千余匹，流寇成建制大部被尽歼于七顶山。高迎祥、李自成率残部散入郧阳山区躲避官军围剿，短期内无力再战。
明军方面，七顶山战役后，南阳成为明军控制中原的枢纽。卢象升在此设立“南阳大营”，屯驻关宁铁骑与川兵，然后命令其他部明军逐一清剿山中流寇。
时间来到四月下旬。
听闻建奴皇太极在盛京举行登基大典，正式将国号由“大金”改为“大清”，改元崇德，至此清朝正式建立。
也标志着其昭告天下，其要从一个割据势力变成一个真正政权。
崇祯九年，六月，郧阳山区流寇东躲西藏，尚未被逼上绝路之时，便听闻北地传来消息：
清军皇太极命武英郡王阿济格率清军数万人，分三路破边而入。
左翼从独石口（今河北赤城县北）入塞；右翼从喜峰口（今河北迁西县境内）入塞；中路经居庸关北路迂回。明巡关御史王肇坤率军拒战，兵败阵亡，明军退保昌平。
收到清军入塞消息时，卢象升正位于河南南阳至湖广郧阳一带，还在督军进山搜剿高迎祥残部，处于全歼流寇的关键阶段。
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注释1：
根据《明史·卢象升传》记载，崇祯九年卢象升被正式任命为总理江北、河南、山东、湖广、四川、山西、陕西军务（简称“七省总理”），赐尚方宝剑，专责东南剿匪。其职权范围覆盖中原至湖广的跨区域军事指挥，与洪承畴的西北剿匪形成战略分工。
其总理职责专管军务，直接对兵部负责，如《明季北略》所言：“总理之设，专为节制诸镇，协剿流寇”。