格物院的炉火与日渐浓郁的秋意，仿佛成了西苑皇庄独特的风景。徐光启的入驻，如同给这台初生的机器注入了灵魂，各项事务开始有条不紊地推进。玻璃的工艺在持续改进，对光学透镜的初步探索也已提上日程，甚至根据朱由检模糊的描述，几名巧匠已开始尝试制作简易的、用于观察微小物体的“显微镜”原型。
然而，紫禁城的天空，从来不会只有一片云彩。朱由检深知，他推动格物院，绕过传统官僚体系，直接由内帑拨款，又起用了曾被阉党打压的徐光启，这一系列举动，无异于在平静（实则暗流汹涌）的湖面上投下巨石。魏忠贤及其党羽，绝不会坐视不理。
风暴的征兆，首先出现在一份看似寻常的奏章上。
这日早朝，气氛与往常并无二致。在处理完几件日常政务后，一位名叫智铤的御史，手持玉笏，迈步出班。朱由检目光微凝，此人他记得，正是当年秉承魏忠贤之意，弹劾徐光启“依违门户”的急先锋。
“臣，御史智铤，有本启奏！”智铤声音洪亮，带着御史惯有的“风闻奏事”的倨傲。
“讲。”朱由检面无表情，心中已然警惕。
“陛下！”智铤躬身，语气陡然变得激烈，“臣闻，近日西苑皇庄之内，有宵小之辈聚集，以‘格物’为名，行‘奇技淫巧’之实！耗费内帑银钱，役使工匠，日夜不休，冶炼不明之物，致使烟尘蔽日，异响不断，扰扰皇城清静，更恐有伤大明龙气地脉！”
他偷眼觑了一下御座上的皇帝，见皇帝神色不变，便继续加大火力：“更有甚者，此辈招揽罢黜官员，勾结内侍，所行之事，皆不经有司，不循祖制！臣恐长此以往，非国家之福也！《礼记》有云，‘奇技淫巧，以疑众，杀！’此等行为，实乃惑乱人心，败坏风气之举！臣恳请陛下，明察秋毫，即刻下旨，取缔此等无名之所，驱散闲杂人等，严惩主事之人，以正视听，以维纲纪！”
话音刚落，又有几名官员出列附和，言辞大同小异，无外乎指责格物院“不合祖制”、“浪费国帑”、“聚集奸邪”，甚至隐隐将“耗费内帑”与陕西灾情联系起来，暗示皇帝不恤民瘼。
一时间，朝堂之上，颇有几分黑云压城之势。许多中立官员低头不语，心中惴惴。阉党的反击，果然来了！而且直指皇帝近来最为看重的新政之举！
龙椅上，朱由检心中怒火升腾，但他强行压制住了。他早就料到会有这么一天。智铤等人的攻讦，看似冠冕堂皇，引经据典，实则空洞无物，完全站在道德和传统的制高点上进行打压，对于格物院具体在做什么，有何用处，他们根本不关心，或者说，不愿意去了解。
他没有立刻发作，而是将目光投向文官班列的前排，那里站着几位并未随波逐流、保持沉默的老臣，如内阁辅臣韩爌等人。他希望有人能站出来，说几句公道话。
然而，韩爌等人眉头紧锁，似乎也在权衡利弊。格物院之事，太过新颖，也太过敏感，直接涉及皇帝与阉党的权力博弈，他们不愿轻易涉足这滩浑水。
殿内陷入了一种尴尬的寂静，只有智铤等人脸上隐隐带着得色。
就在朱由检准备亲自下场驳斥时，一个清朗而沉稳的声音，打破了沉默：
“陛下，臣有话说。”
出列者，竟是礼部右侍郎，东林党人钱龙锡。他虽非阉党，但与徐光启也并非同路，此刻出声，令人意外。
“钱卿请讲。”朱由检心中微动。
钱龙锡向御座行了一礼，然后转向智铤等人，语气平和却带着锋芒：“智御史所言，‘奇技淫巧，以疑众，杀’，出自《礼记·王制》，然其上下文，乃是禁止以怪力乱神之术蛊惑民众。如今西苑皇庄之内，所行乃是探究物理，改进工艺，何来‘疑众’之说？莫非钻研金石冶炼，改善琉璃烧造，便是蛊惑人心不成？此乃断章取义，牵强附会！”
他顿了顿，继续道：“至于‘耗费内帑’，陛下以内帑之银，行格物之事，一未加派赋税，二未挪用军饷，乃是陛下私产，用于有益尝试，有何不可？莫非陛下连用自己的银子，也需向御史台报备不成？若论耗费，宫中以往用于采买珍玩、赏赐嫔妃之资，恐怕远超于此吧？智御史当时为何不言？”
钱龙锡这番话，有理有据，既反驳了“奇技淫巧”的指控，又将“耗费内帑”的问题巧妙地化解于无形，甚至隐隐讽刺了阉党以往引导皇帝奢靡的行为。
智铤等人一时语塞，脸色变得难看。
朱由检心中暗暗点头，钱龙锡此举，未必是完全支持格物院，更多是出于对阉党肆意攻讦、把持言路的不满，是党争的延续。但无论如何，他在关键时刻站出来，打破了阉党一言堂的局面。
“钱侍郎此言差矣！”另一名阉党官员立刻跳出来反驳，“内帑虽为陛下私产，亦关乎国家体统！若人人皆可借故耗费内帑，国法何在？祖制何在？……”
朝堂之上，顿时争论不休，双方引经据典，互相攻讦，将格物院之事，演变成了又一场政治斗争的焦点。
朱由检冷眼看着下方的争吵，心中已然明了。指望朝堂辩论来解决问题，是不现实的。魏忠贤此举，意在试探，意在制造舆论压力，若能逼他放弃格物院自然最好，若不能，也要最大限度地污名化此事，束缚他的手脚。
他不能再等待了。
“够了！”朱由检猛地开口，声音不高，却带着一股不容置疑的威严，瞬间压下了所有的争吵。
众臣安静下来，目光齐齐望向御座。
朱由检缓缓站起身，目光如电，扫过智铤等人，最后落在看似眼观鼻、鼻观心的魏忠贤身上，语气冰冷：
“格物院，乃朕特旨设立。徐光启，是朕下旨起复。内帑银钱，是朕准许动用。”
他一字一顿，每一个字都如同重锤，敲在众人心上。
“朕倒想问问，朕身为天子，欲探究天地之理，寻求利国利民之术，有何不可？莫非这大明的天下，朕想做一点于国有利的尝试，还需得到某些人的首肯吗？！”
这话已是极重，带着凛冽的杀气。智铤等人吓得噗通跪倒在地，连称“臣不敢”。
朱由检没有理会他们，他走到丹陛边缘，俯视着满朝文武，声音传遍大殿：
“格物院，不会撤！其所行之事，是非功过，朕心中自有衡量，亦非尔等风闻奏事便可定论！今后，若有谁再敢无故攻讦格物院，干扰其运作，便是在质疑朕的旨意！”
他直接动用皇权，以最霸道的方式，暂时压下了这场风波。他知道这并非长久之计，甚至会引来更强烈的反弹，但在力量不足时，这是最有效的手段。
“退朝！”
朱由检拂袖而去，留下满殿神色各异的官员。
回到乾清宫，朱由检的脸色依旧阴沉。他召来了王承恩和李若琏。
“查！”他只说了一个字，眼神冰冷，“给朕查清楚，今日之事，除了智铤，背后还有谁在推波助澜！尤其是……看看他们自己，屁股底下是否干净！”
“臣（老奴）明白！”李若琏和王承恩感受到皇帝话语中的寒意，心中一凛，知道皇帝这是要动真格的了。
魏忠贤的反扑，如同一场突如其来的寒流。但朱由检这棵立志要改变时代的大树，其根系，已开始向着更深的土壤，更隐秘的方向，悄然蔓延。权力的游戏，从来不止于朝堂之上的唇枪舌剑。