绳树要去直面吉尔露太，小爱跟在自己身边风险太高。
而跟着拥有“主角光环”的小智，反而是相对安全的选择，也能让她得到历练。
分头行动就此决定。
小智一行人乘上岛民提供的传统小舟，在风浪中艰难地朝着火之岛进发。
绳树则目送他们离开后，转身望向阴沉的天空，眼神锁定了一个方向。
那里，一股庞大的人工造物特有的能量反应正在靠近。
疯狂的宝可梦收藏家，吉尔露太，和他的飞行宫殿，已经抵达了战场。
小智一行人决定先前往火之岛寻找火焰鸟的玻璃球，但途中遭遇火箭队捣乱。
但火箭队的人看到小爱居然也可以站在海面上时，突然记起了自己的恩人。
对于踏浪而行的手段，武藏和小次郎可太熟悉了。
询问过后，小爱说绳树是她的哥哥，火箭队的人义气当头说要帮助大家，因为要报答恩人。
就在他们找到玻璃球时，闪电鸟突然现身，与火焰鸟展开激烈战斗。
吉尔露太趁机用特制笼子捕获了闪电鸟，绳树也在这个时候出现，他利用一个空隙，如同鬼魅般潜入了飞船内部。
同时传说中的洛奇亚也苏醒了！
洛奇亚是海洋的守护者，拥有操控天气的巨大力量。
三只神鸟因力量失衡而相互攻击，释放出全部能量，世界面临毁灭危机。
它要阻止这三只神鸟！
洛奇亚的出现让吉尔露太欣喜若狂，他再次派出电击环，要捕获洛奇亚。
看着从飞艇中飞出的电击环很快就缠绕在洛奇亚身上，绳树出手了。
忍法·土手庵！
两只岩石手臂直接扯开了电击环！
在这个世界土遁可不会被电击克制！
相反，土属性免疫电击伤害！
吉尔露太在操作室内看到突然出现的岩石巨手，破坏了自己的好事，在屏幕上点了几下，调出监控，发现了绳树。
绳树也看到扭过来对准他的摄像头，一个手里剑就让它回厂找保修卡去了。
对面半空，获救的洛奇亚，看了绳树一眼，绳树倒立站在飞艇外遥遥的对着洛奇亚说：“银鸟，洛奇亚，你才是我心目中真正的海洋之神！”
洛奇亚感受到绳树的善意和认可，深深的看了一眼绳树后再次飞回战场，它要制止三神鸟。
飞船内部结构复杂，充满了未来科技感。
绳树小心地避开巡逻的机器人守卫，寻找着吉尔露太的控制室。
途中，他感应到了小智等人的气息。
他们果然如同原剧情一样，意外地被抓了进来。
绳树没有立刻现身救援，他相信小智有能力脱身。
他优先锁定吉尔露太的位置。
终于，在主控室内，绳树看到了那个穿着华丽礼服、举止优雅却眼神狂热的男人：吉尔露太。
他正全神贯注地盯着屏幕，上面显示着三神鸟混战以及洛奇亚苏醒的画面。
“收藏家先生，你的游戏该结束了。”
绳树的声音在空旷的控制室内响起。
吉尔露太猛地转身，看到不知何时出现的绳树，眼中闪过一丝惊讶，但很快被傲慢取代：“哦？刚刚就是你阻止了我？又一只不自量力的小虫子？”
“你是来阻止我收藏这世界上最美丽、最强大艺术品的吗？”
“艺术品？你把引发世界毁灭危机的行为称之为艺术？”
绳树冷笑，“你的审美真是扭曲得可以。”
“无知的人！”吉尔露太被激怒，挥手释放出他的宝可梦：“击败他吧！”
战斗瞬间爆发！
绳树的宝可梦们：妙蛙花、耿鬼、大嘴蝠、盔甲鸟、迷唇姐纷纷现身，与吉尔露太那些经过科技强化的宝可梦激战在一起。
能量光束四射，招式对撞的轰鸣声响彻控制室。
而绳树本人，则如同离弦之箭，直扑吉尔露太本人！
吉尔露太显然没料到绳树会直接进行人身攻击，仓促间启动防护服上的能量盾，同时指挥机器人拦截。
绳树身形如电，【电光一闪】结合体术，轻易避开了机器人的抓捕。
他的拳头包裹着查克拉，狠狠砸在能量盾上！
砰！能量盾剧烈闪烁，虽然未被一击打破，但巨大的冲击力让吉尔露太踉跄后退，脸上第一次露出了骇然之色。
“你到底是什么人？！”
绳树不答，攻势如同狂风暴雨。
与此同时，外界的情况也到了最关键的时刻。
小智在火箭队（因感恩而协助）、小霞、小建以及小爱的帮助下，历尽艰险，终于集齐了三颗玻璃球。
在前往冰之岛的最后路程中，当他们的小船被神鸟的攻击余波掀翻时，是小爱关键时刻施展出木遁·树界降临（规模远不及火影世界，但足以制造一片临时立足的漂浮植物平台），保护了所有人，并为小智争取到了登岛的机会。
最终，三颗宝珠被放置于亚西亚岛的神庙之中。
芙芦拉奏响了神圣的“洛奇亚之歌”，悠扬的旋律如同拥有魔力，穿透风暴，传遍四方。
天空中的三神鸟停止了争斗，眼中的狂暴逐渐褪去，发出清亮的鸣叫，各自飞回自己的岛屿。
肆虐的风暴开始平息，乌云散开，久违的阳光重新洒落海面。
洛奇亚从深邃的海水中升起，发出悠长而平和的鸣叫，引导着混乱的洋流回归正轨。
世界，恢复了和平。
它巨大的头颅转向亚西亚岛，向小智点头致意后，振翅朝着吉尔露太气垫船坠落的方向飞来。
此刻的气垫船，已大半搁浅在浅滩上，船体残破，冒着黑烟。
甲板上一片狼藉，到处都是被疯狂植物肆虐过的痕迹，粗壮的藤蔓与碎裂的金属纠缠在一起，显然绳树在这里毫无保留地爆发了力量。
吉尔露太瘫坐在废墟中，他的收藏品和机器人大军已被彻底摧毁，他本人也失去了战斗力，眼神空洞地望着天空。
绳树从一个损坏的装置上，小心翼翼地拆下了那几个依旧闪烁着电弧的特制电击环，将它们收入系统空间。
“连二级神都能强制捕捉的技术……结合封印术的话，未来或许能派上大用场。”
他心中盘算着。
这时，巨大的阴影笼罩了他。
洛奇亚悬浮在低空，那双充满智慧与温和的眼睛，正注视着他。
绳树抬起头，迎着洛奇亚的目光，脸上露出了发自内心的、如同粉丝见到偶像般的笑容。
他很高兴，因为洛奇亚是他前世第一次接触宝可梦时的封面神！
而且在其后的各种表现中，从未辜负过粉丝的期待，始终保持着强大、睿智与仁慈的形象。
洛奇亚似乎感受到了绳树心中那份纯粹的认可与喜爱，它发出一声低沉的、带着善意的鸣叫。
一道温和的心灵感应传入绳树脑中：
“心怀善念与勇气的人类，感谢你所做的一切。”
“你的力量与意志，令我印象深刻。”
“若你将来遇到无法独自解决的危机，可在心中呼唤我的名字，我会尽力前来相助。”
与此同时，系统的提示音在绳树脑海中响起：
【叮！检测到拥有世界权柄的传说宝可梦（洛奇亚）主动赠与友谊，并承诺援助。】
【宿主可凭此联系，在提供足够能量后，可尝试与洛奇亚签订通灵契约，进行召唤。】
绳树心中一震，随即涌起巨大的喜悦。
这不仅是一份强大的助力，更是一种认可。
他对着洛奇亚，郑重地点了点头：“谢谢你，洛奇亚，期待下次再见。”
洛奇亚再次发出一声长鸣，振翅高飞，巨大的身影在夕阳的余晖中化作一个黑点，消失在天际。
绳树站在残破的甲板上，望着洛奇亚消失的方向，又看了看手中系统界面关于通灵契约的说明。
感受着体内缓慢增长的查克拉，以及完成了所有历练任务的提示。
风暴已然平息，旅程终于要暂告一段落了。