红巾军经过一连串的大胜，在江南四处扩张，获得了大片领土，完全掌控了太湖流域。
红巾军掌控太湖流域后，并未止步于军事占领，而是迅速铺开全域治理框架——
朱鸣命胡惟庸、杨宪主理行政统筹，徐答、俞通海分管陆防水师方面的建设。
而李善长，负责统筹总体调度，统管江南地区的发展。
红巾军以“行政立基、军事固防、经济复苏”为核心，推动各领域同步推进，让太湖沿岸尽快恢复繁荣。
重建江南太湖流域的第一步，是行政体系的搭建与建设。
胡惟庸牵头，在常州设立了“太湖都护府行政署”，将六城划分为三级治理：
常熟、江阴、常州三地设府，统管周边县镇；
每府选派三名中央官员任知府、通判、推官，分别主民政、财税、司法等行政管理权力。
除此之外，要求官员需在半月内完成属地调研，不得久坐衙署，防止形成地方势力。
杨宪则推动户籍与田亩清查，统一印发“户帖”，推动户籍的清查管理。
“户帖”载明了人口、田产、职业，流民可凭“户帖”认领官田，得到登记并获得土地。
另外，旧佃户与地主的租约也需经官府核验，杜绝苛租。防止地主的恶性土地兼并。
至清查收尾，共登记民户四十六万、军户八万，厘清了无主田十二万亩，大量的百姓获得了土地耕种。
红巾军均按“每户三亩”标准分配给流民，将在战火中的流民全部得到了良好的安置。
红巾军同时建立了“粮册”，为后续赋税调整与粮食调配奠定基础。
行政建设推进后，红巾军军事防御的组建也在同步强化。
徐答按“沿湖布防、屯守结合”原则，在太湖沿岸设立了六处卫所。
福山、狼山卫扼守长江口，宜兴、吴江卫控制太湖西、南岸嘉兴、采石矶卫衔接外围防线，
这些卫所，每卫驻兵五千多人其中七成分派屯田，三成专注于操练，兵农合一守卫当地。
兵士开垦的军田统一由卫所管理，统一管理军田的收支。
收成除留足士兵收入的军粮，剩余部分上交都护府，既减轻军需压力，又补充地方粮库。
水师方面，俞通海将缴获的三百艘战船与原有战船整合，挑选二百艘舰船改造为“楼船”“快船”——
楼船加装三层炮位，用于正面防御和主力作战；快船轻便灵活，负责巡逻与突袭。
这些船只都由应天的造船厂
同时，廖永安从渔民中招募2000名水手，分批次开展“水战阵法”的训练。
每日在太湖操练“一字阵”“合围阵”，确保航道安全，震慑张士诚残部。
手工业与商业的快速复苏，也同样是红巾军在江南地区的治理重点。
在手工业领域上，官府针对常州丝绸、江阴铁器、常熟棉纺三大产业出台扶持政策：
常州丝绸工坊推广双踏板织机，官府提供百分之五十的织机改造补贴。
同时红巾军统一了染料标准，制定“六色样卡”，规范产品质量；
江阴铁坊引入焦炭炼铁技术，提高铁器硬度，大大提高了生产效率。
官府订单优先采购本地铁器，用于农具、兵器制造，以此促进本地手工业实现快速发展；
常熟棉纺工坊则组织纺纱女工培训，推广“三锭纺车”，产能较之前提升两倍。
商业上，都护府将商税从“十五税一”暂时降至“三十税一”，以鼓励商业经济的快速恢复。
红巾军在常州、常熟、江阴设三大市集港口，让商船在此能够往来贸易。
另外，红巾军还派水师每日派战船沿太湖航道巡逻，打击水匪，保障商路的畅通。
官府还协调粮商、布商建立了“互助商行”，为中小商户提供周转资金。
不到一月，太湖流域市集交易额便恢复至战前水平，丝绸、铁器甚至远销至浙西、皖南。
红巾军对太湖流域的治理效果，在两月后开始逐渐显现：
农业上，新修水渠、堤坝惠及二十多万亩的农田，开垦了大量之前因战争和动乱而荒芜的土地。
“香粳稻”良种推广后，预计亩产较旧种提升了三成。
到秋收之前，红巾军已储备粮秣八十万石；
军事上，红巾军的新扩张的六处新卫所全部建成，水师战船扩至一千五百多艘。
太湖地区十分安全稳固，全域无大规模袭扰，流民也实现了尽数安置；
经济上，工坊数量较战前增加了大约四成，商税收入月均增长了约百分之二十。
常州丝绸、江阴铁器成为红巾军控制区的“招牌商品”，远销南方各地，为红巾军赚取了大量的利润。
某日，朱鸣收到了太湖都护府的汇总奏报。
朱鸣见奏报中“六城安定，吏民齐心，粮足兵强”的描述，感到十分满意。
朱鸣又听闻信使提及“沿岸百姓已开始筹备秋收祭，市集上孩童嬉戏，商户叫卖不绝”，不禁感慨万千。
朱鸣对身旁众臣道：
“江南的太湖治理，是江南稳固的根基。”
“我红巾军有了此基础，往后平定张士诚、应对陈友谅，便更有底气了。”
此时的太湖流域，已从战乱后的凋敝渐渐走出。
转向军政有序、民生安定的新局面，成为红巾军治理江南的典范。
此时的太湖沿岸，秋收的气息已漫过田野，清风吹过，稻田里的水稻。
常熟的百姓忙着收割新稻，一辆辆粮车在官道上排着队；
常州的市集里，客商往来不绝，集市上的各种手工制品琳琅满目，各种丝绸、铁器的叫卖声此起彼伏；
江阴的码头边，水师战船巡逻而过，渔民们撒网捕鱼，笑声落在水面上。
一切都是那么繁荣、那么富足、那么井然有序。
一个富饶稳固的江南太湖根据地，正在红巾军的治理下，缓缓展露生机与繁荣。