在得知韩晏失败后，孙策立刻启用贺齐为会稽南部都尉，率军挺进福建。在汉代福建这里叛乱频发，设置会稽南部都尉的目的就是军事管理福建，孙吴的时候，贺齐为管理福建做出了非常大的贡献。
贺齐带兵挺进后，商升可听说过贺齐的彪悍，于是就派人前来订立盟约。贺齐见到使者后，向其陈述了利害关系。贺齐这番话说得相当有水平，商升就奉上印绶，走出府邸请求向贺齐投降。叛军中的将领张雅、詹强等人可不愿意投降，索性直接就组织兵力攻杀了商升，然后就上头的给自己来个称号，张雅自称无上将军，詹强自称会稽太守，这算司令跟市长的组合？
贺齐很快就得知了商升被杀降服派被铲除的消息，现在叛军数量多自己兵力少，无法与敌人抗衡，就开始加强防御，原地休息。贺齐的计划就是等待敌人内部出现问题削弱其力量。
叛军这边时间不长就开始争权夺利，主要是那位无上将军跟自己的女婿因为权势互相猜忌对立，双方都有各自的拥戴者，张雅和自己的女婿都开始拥兵自重，意图取代乃至于消灭对方。
贺齐找准了机会，趁着敌人争权夺势之时突然领兵征讨，此时的叛军力量分散，矛盾很深，贺齐直接率军进攻张雅所部，张雅一仗就被击败。那位市长詹强非常害怕，乖乖的率众出来投降。自此孙吴势力征服闽越故地，从汉朝以来第一次在福建地区设县，三个县分别叫“建安”、“汉兴”、“南平”，建安县还是以汉献帝的年号命名的。
孙权接掌政权后，政局开始动荡起来，刚刚平定的建安等县山越人又开始要求自治，这些人的诉求就是不想给孙氏服兵役，服徭役，交税，毕竟以前这里也是不需要如此的。孙权当然不同意，立刻强硬的让贺齐镇压。
过了几年，会稽郡南部建安、汉兴、南平等地的强族首领洪明、洪进、苑御、吴免、华当等起兵反对孙权。这五个人，每人手下都有万余人，实力非常强劲，在汉兴一带，叛军互为犄角，形成了多层次的纵深布防，派出吴五率领六千人驻守大潭，派邹临率领六千人驻守大潭南面的盖竹，以此拱卫建安。很快山越军就意识到自己实力强劲，为什么要防守呢?山越军开始分路出击，驻守盖竹、大潭的军队越过武夷山杀向余汗，洪明、洪进率军攻打汉兴。
局势如此凶险，虽然各地都有驻军，但必须用强有力的将领率军平定山越。孙权令各县出兵五千由县令、县长率领，再交由贺齐统一指挥，贺齐很清楚现在敌强我弱，与敌人硬拼损失太大。在部队到了余汗后，部队不再继续前进开始与山越军对峙，一旦深入进军很容易被山越军断了退路。贺齐考虑之后，就打算令松杨县长丁蕃率军驻守余汗与敌人对峙。丁蕃相当不服气，他认为自己原来自己与贺齐是平起平坐的，现在居然成了贺齐的部属，需要听从他的指挥，这让丁蕃心里很不舒服，他就推脱不肯留下。
估计这么特殊的情况下孙权是放权给贺齐了，丁蕃在推脱的时候，贺齐已经决定要杀人立威了，官方的名字叫执行军法。贺齐听完丁蕃的说辞，罪名也给他定了下来，立刻让士兵把丁蕃带下去直接斩首，这让全军上下非常震惊。跟主将贺齐资历差不多的说杀就杀，何况我们这些人呢，想要保命，还是老老实实听命令吧！全军上下都听贺齐的号令，另外也确实保证了军队的战斗力，准备拼死与山越一战。
在解决了内部问题后，贺齐决定以部分兵力留守后方，亲率主力攻打洪明部。在贺齐的激励和指挥下，将士们悍不畏死，命令贯彻执行到位，在对阵中洪明被斩杀。这给山越军其余各部很大压力，洪进、吴免、苑御、华当四将压力很大，畏惧贺齐就全部投降。得胜之后，贺齐马不停蹄率军攻打盖竹、大潭等地的山越军，很快吴五、邹临也在被击败后投降。
这场战争下来，收获很大，贺齐率部共斩杀山越军六千人，全部山越名将被俘，收编精兵万余人，原来所设的县邑都得到恢复，孙权拜贺齐为平东校尉。
公元208年，贺齐升任威武中郎将，当时丹阳郡的黟县、歙县不断起事反抗吴军，恰巧这个时候孙权正率主力围攻合肥，为稳定境内局势，贺齐又受命前去镇压。丹阳郡这个地方的士兵，在当时是相当出名的，仅因为这一点就不能放任不管。当时的情况是山越头领金奇，率领万户山越民屯守安勒山；毛甘率领万户山越民屯守乌聊山；势力大的在黟县陈仆、祖山率两万户屯守林历山，贺齐决定讨伐势力最强大的陈仆、祖山部。
林历山地势十分险要，四面都是悬崖绝壁，绝壁高数十丈，进山的路危险而狭窄，只能容纳一个人通过，山越军居高临下，根本无法仰攻。面对如此情况，试探性的进攻多日，根本无法奏效，这让全军上下士气低落，对此十分忧虑。
贺齐征讨山越多年，山地作战经验丰富，他趁着夜色观察地形，精选了体力好，善于山地作战的士兵，趁着夜色用铁戈斩山为梯偷偷爬上山，再把垂布放下，后续士兵攀援而上。趁着敌军不备，攀爬上来的士兵们开始偷袭，为了惊吓敌军，向敌军施压，爬上去的士兵开始鸣起鼓角，扯着嗓子喊杀。陈仆、祖山听到四面的声音，立刻感到恐慌不已，现在这个情况就得保住自己的性命了！将领都这么想，更别说手下了，手下们也放弃扼守的山道一起逃往大营。贺齐率领的大军趁此机会登上山顶向敌军营寨猛攻，贺齐一战就歼灭了林历山中的陈仆、祖山部，斩首七千。
这个消息很快就传到了其他山越部众耳朵里，这下该其他人瑟瑟发抖了。