人类降生以来，经历过无数的春秋。
在帕蒂亚以南，穿过海洋后广袤无垠的草原上，这里是公认的人类的起源。从人类诞生之初，就有过无数的争议，有人说人类给这个世界带来了灾难，无数的宝可梦因为人类的直接或者间接的行为导致灭绝，也有因为人类的喜好，被培育得畸形无法重新适应大自然的宝可梦。
这部分人认为，人类就是这个世界最大的祸害。
直到一位先知的出现，改变了这一看法。这位先知是从天冠山顶上走下来的，他声称自己得到了神明的启示，神预言了接下来席卷世界大洪水，神告诉先知，要建造一艘巨大的方舟，才能在洪水来临时存活下来。
先知听从了神的指示，开始指导人们建造方舟，并且尽可能地将见到的宝可梦也带上了方舟。为了存活下去，宝可梦和人类发展出了特殊的关系，人类也开始理解共情宝可梦，两个群体之间绵延千年的狩猎关系在这一刻发生了改变。
洪水如约而至，巨大的方舟被洪水托举起来，人类和宝可梦无一不在欢呼，他们将先知高高捧起，庆祝这来之不易的生存机会。洪水退去后，人类和宝可梦没再回到那样尔虞我诈的生活，反而在这片广袤无垠的土地上一起生存，直到现在。
不知道多少年前，在神奥的一个遗迹之中，还未成为冠军的竹兰正在和已经在宝可梦世界声名鹊起的艾玛一起发掘一块石板。
竹兰此时在宝可梦对战上还不算顶尖，但在遗迹研究方面却是数一数二的学者，尤其是她的古文字解读，几乎可以说是冠绝群雄。
“艾玛博士！你看这里！方舟果然是存在的！”
“没错！小竹篮！真的太感谢你了！如果方舟存在的话，那么人类和宝可梦再次和谐共处的世界也是存在的！”艾玛拿出照相机，将这块石板上的内容拍摄下来。
石板上记载了人类在先知的帮助下，和宝可梦一起登上方舟和谐共处的事迹。几千年的时间过去了，人们早就对曾经的方舟传说知之甚少，甚至认为这只是一个单纯的传说。但现实却是，洪水退去之后，一切并不像传说中那样，人类和宝可梦一直是这样和平共处的。在人类文明伊始，宝可梦被作为战争兵器存在培养，无论是在狭窄的欧罗巴大陆上的卡洛斯、帕蒂亚，还是在亚细亚大陆边上的神奥、丰缘，都发现了不少利用宝可梦达到自己战争目的的记载。
而到了现代，经过了两场世界级别的大规模战争后，人类似乎很少提起战争的话题，只有在少数地区还存在小范围的冲突。大国之间有了一种默契，都可以避免提到这个话题。但人类总是喜欢在一些事情上争论，如果没有战争的话，总得找个事情来让争论停止，宝可梦联盟就是在这样的环境下诞生的。
“或许应该让亚玄来看看，我在这里还发现了路卡利欧的记载，或许会对他的路卡利欧研究有些帮助。”竹兰展现出一副好学的样子，事无巨细地将石板上的内容通通记录下来。
“嗯，我这边准备好了，天色不早了，我们先回去吧。”
“艾玛博士，你先回去吧，我到时候自己回去。”竹兰已经入迷了，她现在只想快点把石板上的内容全部翻译出来。
“那你注意安全。”
艾玛博士离开了遗迹，在遗迹外面，她们搭了一个帐篷，帐篷里面放着一张长桌子。艾玛拿出了一个像是通讯器一样的东西，将它放在桌上，突然通讯器在空中投射出一个画面，画面里面是一个长着红色头发，样子非常像是一只红色狮子的人。
“弗拉达利，计划已经有结果了，石板预计在明天就会全部翻译完成。顺带一提，你发明的全息影像通讯器还真好用，有没有兴趣大规模生产？”
画面中的男人叫弗拉达利，他对艾玛的话十分冷淡，说道：“我对你说的大规模生产没什么兴趣，既然好用的话就应该人人都能使用，这样就不会有人嫉妒他人去争抢一些东西。”
“你又开始了，还是说计划吧，方舟是存在的，接下来我们只要找到方舟的遗迹，就可以……”
“艾玛，计划又变，攀升者有新的消息传达过来了。”
“攀升者？他登顶了？”
“是的，他登上了一千多年来一直都没有人登上的真正的天冠山山顶。”
弗拉达利还没说完，又有一个画面被投影了上来，画面中也是一个男人，看上去愁眉苦脸的，他叫赤日，平时就是这一副臭脸的样子，艾玛已经习惯了。
“石板的研究……”赤日没有过多废话，开门见山直接询问石板的进度。
“真是心急，全部翻译得明天了，现在的话，我只能告诉你，方舟是存在的。”
“存在……那它为什么消失呢？人类的斗争是无可救药的，艾玛，我希望你明白这一点。”
“赤日？你在说什么呢？”
赤日板着一副脸，继续说道：“我从今天开始，退出攀升计划，这个世界上有更多值得我去做的事。不……这个世界没有，希望我们能够在下个世界再见吧。”
“喂！你发什么癫？”还没等艾玛说话，赤日的画面就消失了。
弗拉达利这边的脸色也并不好，他也顺着赤日的话，继续说道：“赤日说的不错，人类是没有未来的，这个世界上的资源是有限的，而人类总是会为了这有限的资源争得头破血流，我想，这也是我们最后一次见面了。”
“喂！你又是怎么回事？石板已经发掘出来了！你们难道就不愿意等一等吗？”
弗拉达利摇了摇头，说道：“艾玛，我们没有你那样感性的思维，或许你会觉得我们有些极端，但你请记住，我们也是往未来发射了一颗子弹，但愿这颗子弹最后是击中我的头吧。”
说罢，弗拉达利的画面也消失了。
“这两个人，真是莫名其妙！”艾玛也不再理会全息投影通讯器，拿出笔记专心研究起了石板上的内容。
“先知吗……似乎没有对先知的脸有记载，会不会是宝可梦呢？人形宝可梦先知？好像还真是一个前所未有的猜想。不行，可能还是得从宝可梦的性格缺陷下手，如果人类和宝可梦曾经是敌对关系的话，那宝可梦的性格缺陷会不会是方舟时期才形成的呢？”
“艾玛博士！”竹兰突然闯入帐篷，把艾玛的思路全部打断了。
“小竹篮！不要那么冒失！”艾玛博士平复了一下心情，继续问道：“什么事情？”
“啊……对了！”竹兰举着一张撕下来的笔记，说道：“这个！我的惊天大发现！先知可能并不是一个人！准确来说！它应该是人类和宝可梦结合的生物！”
竹兰说着，将笔记递给艾玛。
“我看看，”艾玛接过笔记，仔细阅读了起来：“没有人见过先知的脸，和它接触比较多的人对它的评价都是他的确是人没错，但有时候从斗篷下伸出来的，又会是一只兽手，看着又很像宝可梦。但可以肯定的是，先知拥有自己的宝可梦，不过平时看不见它。”笔记上在最后一句话下面划了一条红线，特地标注到“这很可能是精灵球的原理第一次被发现使用”。
艾玛激动地说不出话来，她在参加攀升计划之前的研究的确证明了精灵球的原理并不是精灵球本身，而是精灵球利用了自然界本来就存在的现象，只不过她还没研究完那个课题。现在知道攀升计划和她之前的课题还有联系，让她激动地说不出话来。
“这个！这个……我！我知道！”艾玛也像是发疯了一样，拿着竹兰给的笔记，端正地收好。
“我还没看完呢！艾玛博士，那我继续去遗迹里面了？”
“注意安全啊！”艾玛博士现在的注意力全在笔记上，完全没有心思去管竹兰会去哪。
多年之后，竹兰每每回想起那个夜晚都会后悔，如果她不去继续研究石板的话，或许就能再见到艾玛博士一面。
那天晚上，等竹兰再回来时，她只看见了一个燃烧的帐篷，而帐篷里还有一个被烧着的人影。周围见不到艾玛博士的身影，竹兰自然而然地以为帐篷里就是艾玛博士。她发了疯一样灭火，可还是无济于事，只能眼睁睁看着帐篷被燃烧殆尽，只留下一个烧焦的尸体在她眼前。
尽管之后调查发现，被烧死的人并非艾玛，而艾玛在之后也出现在了洛伊地区，可竹兰还是没能绕过自己心里那道坎。多年后，她再回到那个遗迹时，里面已经没有什么石板了，在那晚她救火时，石板就不知道被谁砸碎了，碎片再也解读不出来任何东西，攀升计划就此搁置。
又过了许多年，她见到了赤日自愿留在了毁坏的世界，弗拉达利也在官方的通告中死亡，水舰队和火岩队的水梧桐赤焰松双双被捕，烈空坐也被人类捕获，或许现在正在丰缘的宇宙中心里被囚禁研究。
或许赤日曾经经历过这些事情，所以他才会选择一个没有心灵的毁坏的世界。但竹兰并不觉得心灵是不完美的，除了这些，竹兰还看到了义无反顾为了世界和平奋斗的年轻人——小光、明辉，还有和宝可梦一起并肩作战、共同进退的训练家——小智，他们也有自己的喜怒哀乐，正是因为这些不完美的情绪，才会造就完美的人，竹兰是这样想的。
“你也是这样想的吗？艾玛博士？”
雨夜，在洛伊地区，艾玛博士孤独地站在雨中，她不明白自己为什么会被曾经的伙伴背叛，大家为了同样的梦想相聚，却又因为同一个梦想分开。
“为什么……为什么你们要烧掉那些资料！”艾玛在雨中呐喊。
此时的忒珀拉相当年轻，她举着伞，来到艾玛身边，说道：“老师，下雨了。”
艾玛一把推开忒珀拉的手，说道：“我不需要伞！”
那一夜，艾玛思考良久，她想到了千千万万为人类未来付出生命代价的战士，难道这些人的牺牲就换来这样一个宝可梦世界吗？她想到了广大的挣扎在生死边缘的贫苦人民，他们怎么办？她很不甘心，她作出了一个决定，这件事，哪怕是她摔得粉碎，即使失败了，她也不惧怕，因为她知道，星星之火可以燎原。过了几天，艾玛从滴水洞中出来了，在召集自己多年来的学生研究员开会时，说了一句惊世骇俗的状语：“以前，我带你们做研究，现在，我又要带你们做研究了。”
没人知道这件事会带来什么后果，艾玛也不清楚，但她同样也向未来发射了一颗子弹，这颗子弹不同于其他人对未来的宣战，她要为人类和宝可梦的未来扫清障碍，无论后世的人们遇到了什么洪水，只要有她这颗子弹在，就还有一线生机。
“你知道吗？艾玛退出攀升计划了，她联合了自己的学生，在研究那件事情。他们把这个计划叫做，方舟计划。”侍从毕恭毕敬地站在一张老板椅旁边。
老板椅上一个黑色的背影坐在上面，他没有转过身来，用冰冷机械的语气说道：“不愧是她，都已经看到这一步了吗？赤日和弗拉达利的失败并不能说明什么，人类已经无可救药了，那么我这一颗子弹要射向谁呢？就射穿艾玛的方舟吧，一艘破烂的方舟，还能在洪水中远航吗？”
“嘭！”一颗真正的子弹打破了黑影面前的窗户，正中黑影的胸口。
黑影中枪后，并没有呻吟，而是用手直接挖出了子弹，任由胸口的伤口往外淌血。
“怎么会……”
“很意外吗？”黑衣把已经扭曲变形的子弹头捏在手里，对着窗外凌空而踏的杀手，将手里的子弹弹了出去，穿过了杀手的头颅。
空中的杀手像一片羽毛一样，从空中摔落。过了很久，才听见从数百米之外的地面上传来的一声闷响。
“要在下去查看一下他的情况吗？”侍从问道。
“不用，他只是一个失败的实验品，过了今晚也要死，还是去准备一下宇宙中心的那些事情吧。”