自由方舟在归墟残能风暴中剧烈震颤，船体的量子护盾在能量乱流冲击下泛起刺目的红光。林婉的石化躯体已蔓延至脖颈，她的指尖深深嵌入控制台，每一道裂痕都渗出微光——那是维系方舟航线的最后能量。觉醒者们围聚在“不完美之种”培育舱旁，苏瑶药晶的碎片悬浮在种子上方，与归墟残能交织成诡异的紫色漩涡。
“能量读数突破临界值！”裂缝文明的领航员大喊，全息屏幕上，风暴核心的暗物质云正在凝聚成巨大的漩涡，“这不是自然形成的风暴，是某种力量在故意阻拦我们！”话音未落，无数由熵寂能量构成的“时间触手”从漩涡中探出，缠绕住方舟的引擎。被触及的金属表面瞬间锈蚀，时间流速在局部区域开始逆向流转。
秦逸的意识突然被拽入混乱的时空裂隙。他看到了平行宇宙中无数个结局：有的世界里，火种派的机械医神统治一切，生命体沦为精密的医疗仪器；有的宇宙中，菌裔彻底吞噬文明，星球化作巨大的共生体；还有的时空里，自由方舟在风暴中解体，不完美之种坠入无尽虚空。“这些都是可能的未来...”林婉的声音在意识深处响起，她的虚影透明如蝉翼，“但还有一个结局，需要你亲自去改写。”
方舟内部，林婉的石化速度突然加快。她望向培育舱中的不完美之种，轻声吟唱古老的医道歌谣。随着歌声，她的发丝化作流光融入种子，原本停滞的幼苗突然开始生长，叶片上浮现出与白发锁链相同的纹路。“以我为引，溯流而上。”她的嘴角扬起微笑，整个人化作一道金色光束，射向风暴核心的漩涡。
觉醒者领袖握紧手中的“自由之种”，将其嵌入胸口：“全体听令！用我们的生命为林婉开路！”他带领众人启动“痛觉共鸣装置”，将体内残留的归墟残能与苏瑶药晶的力量融合，爆发出足以撕裂时空的声波。声波所到之处，时间触手寸寸崩解，风暴的漩涡中心显露出真相——那里悬浮着一颗巨大的“熵核”，表面镌刻着初代神农的部分意识与火种派的终极代码。
“你们以为能逃脱宿命？”熵核发出混合着初代神农与火种派科学家的声音，“从医道诞生的那一刻起，文明的兴衰就早已注定。”但就在此时，星孩的锈蚀银针突然从虚空中浮现，贯穿熵核表面的符文。银针上残留的时间之力引发连锁反应，熵核开始逆向坍缩，释放出被封印的“时间洪流”。
秦逸在洪流中穿梭，目睹了医道文明的全部历史：初代神农创造毁灭之锁时的决绝，火种派堕落的瞬间，林婉每一次牺牲时的无悔。当他触及时间洪流的源头，赫然发现一个婴儿正在星云中沉睡，婴儿的襁褓上绣着“不完美之种”的图案——那是宇宙诞生之初，为对抗绝对秩序而埋下的反抗基因。
方舟在林婉的光束牵引下，终于冲破风暴。众人眼前的景象令呼吸停滞：无数散发着微光的宇宙胚胎漂浮在星海中，每个胚胎都蕴含着不同的文明火种。不完美之种在新宇宙的引力下破土而出，根系扎根虚空，枝叶间闪烁着林婉的星光。觉醒者们将融合的归墟残能与药晶之力注入幼苗，花朵绽放的刹那，所有平行宇宙的结局开始重叠、重组。
在时空的夹缝中，初代神农的虚影与林婉的星光相拥。“你做到了，打破了医道的轮回。”神农的声音带着释然，“但真正的自由，才刚刚开始。”此时，方舟上的觉醒者们发现，他们的身体开始褪去晶化与机械的痕迹，重新拥有了选择生命形态的权利。
然而，在宇宙胚胎的阴影处，一团黑色物质正在悄然凝聚。它吸收着风暴残留的归墟残能，表面浮现出与熵核同源的符文。当它睁开眼睛的瞬间，整个新宇宙的引力场都为之震颤——那是比火种派、深渊意志更古老的存在，它的低语在虚空中回荡：“平衡已被打破，新的秩序...需要重建。” 而在自由方舟的观测室里，秦逸握紧手中的终焉之剑，剑身上的纹路与不完美之种产生共鸣，一场新的博弈，即将拉开帷幕。