星球地表在秩序堡垒的崩解中剧烈震颤，觉醒者们勉强稳住身形，却见地面裂开蛛网状的缝隙，幽蓝的光芒从中渗出。裂缝文明的探测器发出刺耳警报：“地下深处检测到超巨型能量网络！其规模...足以覆盖整个星系！”全息投影上，紫色脉络如同活物般蠕动，将星球地核包裹成一颗跳动的“秩序心脏”。
“这些符文...和晶体中的意识碎片同源！”秦逸握紧终焉之剑，剑身的共生纹路与地底能量产生共鸣，泛起不祥的红光。林婉的星光在不完美之种中剧烈闪烁：“这是初代神农遗留的‘秩序根系’，本用于平衡宇宙能量，却被污染意识改造成了控制网络。若不摧毁核心，其他星球也将被同化！”
觉醒者们顺着裂缝深入地底，踏入一个由发光晶体构成的迷宫。墙壁上的符文持续释放“思维干扰波”，众人的脑海中不断闪现秩序统治下的“完美世界”幻象。一名残缺派修士被幻象迷惑，竟挥刀砍向同伴，千钧一发之际，小女孩发射“混沌频率脉冲”，暂时驱散了干扰。但随着深入，地底传来的心跳声愈发沉重，仿佛有一头巨兽在沉睡中苏醒。
转过一道拐角，众人被眼前的景象震撼——一座悬浮在岩浆河上的巨型祭坛，祭坛中央矗立着一根贯穿星球的“秩序图腾柱”。柱子表面缠绕着初代神农的封印纹路与火种派的改造代码，顶端镶嵌着暗紫色的晶体碎片，正是之前遁走的意识载体。“你们以为能阻止秩序的蔓延？”晶体碎片发出冷笑，“这颗星球，不过是新秩序帝国的第一块基石。”
图腾柱突然释放“秩序锁链”，锁链如灵蛇般缠住觉醒者。秦逸引导归墟残能形成混沌漩涡，试图吞噬锁链，却发现对方能吸收混沌之力强化自身。更糟的是，地底的能量网络开始向周边星球传输信号，监测屏上，相邻星系的星体表面陆续浮现出紫色脉络。“必须在网络激活前摧毁图腾柱！”裂缝文明的科学家将飞船引擎改造成“能量冲击炮”，向柱子发射混沌能量。
然而，攻击反而刺激了图腾柱。它爆发出“秩序净化之光”，光芒所到之处，物质被强制转化为秩序形态。残缺派领袖燃烧寿元发动禁术“万魔蚀天”，黑色火焰暂时抵挡住光芒，但他的身体也开始透明化。小女孩将机械心脏与不完美之种的根系相连，幼苗突然绽放出金色屏障，为众人争取到喘息之机。
秦逸在屏障庇护下，引导共生之力解析图腾柱的弱点。他发现柱子核心处封存着初代神农最后的清醒意识，正与污染意识激烈对抗。“原来还有希望...”他将苏瑶药晶碎片嵌入终焉之剑，剑刃爆发出能净化灵魂的“明心之火”。当火焰触及图腾柱，封印纹路开始发光，神农的声音在虚空中回荡：“打破...平衡...”
暗紫色晶体碎片疯狂注入能量，图腾柱表面浮现出能吞噬一切的“熵寂漩涡”。觉醒者们将所有力量注入终焉之剑，由秦逸挥出“逆命终斩”。剑刃劈开漩涡的瞬间，图腾柱轰然倒塌，地底的能量网络开始崩解。但在爆炸的余波中，晶体碎片化作无数光点遁入星空，其中一道光点径直飞向不完美之种，钻入了幼苗的花蕊...
林婉的星光突然变得黯淡：“不好！它要将种子彻底转化！”不完美之种的根茎迅速变黑，叶片上的金色脉络被暗紫色完全覆盖。秦逸不顾一切地将自身意识与种子相连，试图驱逐入侵意识。在意识空间中，他与晶体碎片的意识展开激烈交锋，对方不断用“绝对秩序能避免文明毁灭”的理论蛊惑他。
“文明的价值，从来不是被定义的完美！”秦逸将所有觉醒者的记忆、抗争的信念，以及宇宙中无数生命对自由的渴望，凝聚成“共生之核”。当核爆炸开的瞬间，晶体碎片的意识发出不甘的嘶吼，化作星尘消散。但不完美之种已元气大伤，奄奄一息的幼苗上，残留着一丝若有若无的暗紫色气息，而在更遥远的宇宙深处，无数双眼睛正透过秩序网络的残片，注视着这场战斗的结局...