不完美之种在共生之核的冲击下剧烈震颤，奄奄一息的幼苗表面残留的暗紫色气息如游丝般缠绕。林婉的星光在花蕊中忽明忽暗，声音带着前所未有的虚弱：“晶体碎片虽被击溃，但它在种子内部埋下了‘秩序孢子’...一旦苏醒，所有努力都将白费。”与此同时，自由方舟的监测系统突然疯狂闪烁，裂缝文明的科学家脸色煞白：“宇宙尘埃中检测到异常波动！那些曾被秩序污染的星域，星尘正在自发重组！”
全息投影上，漆黑的宇宙尘埃如被无形之手操控，渐渐汇聚成巨大的齿轮状结构。每个齿轮表面都流转着暗紫色的符文，齿轮转动时，空间被切割成整齐的几何切面，所过之处，新生的星云被强制压缩成秩序能源块。更可怕的是，这些齿轮之间构建起跨星系的“秩序通讯网络”，将各个星域的异常波动串联成整体。
“这是升级版的秩序根系！”秦逸握紧布满裂痕的终焉之剑，剑中的神农本源与齿轮产生共鸣，引发剧烈刺痛。他的意识再次被拉入混乱空间，无数记忆碎片在眼前飞旋：远古时期神农创造秩序根系维持平衡的场景、火种派暗中篡改程序的阴谋，以及一个从未现身的黑袍身影在幕后操控一切。“原来所有的危机...都是一场跨越纪元的实验。”他喃喃道。
觉醒者们决定主动出击，驾驶经过混沌能量改造的“星陨舰队”冲向齿轮网络核心。但刚接近目标星域，舰队就遭遇“秩序星骸”的拦截——这些由恒星残骸改造的巨型战舰，舰炮发射的“熵序湮灭弹”能将物质直接分解为基本粒子。残缺派修士结成“混元防御阵”，用混沌之力中和能量，裂缝文明则启动“维度跳跃干扰器”，试图扰乱星骸的攻击轨迹。
战斗中，小女孩的机械心脏突然捕捉到特殊频率：“哥哥！这些齿轮的运转节奏...和不完美之种里的秩序孢子产生共鸣！”她将心脏与舰队系统连接，发射出“频率紊乱波”，暂时减缓了齿轮的转动。但网络核心随即做出反击，释放出无数“秩序织网者”——这些形如蜘蛛的机械生物，吐出的银丝能将空间编织成禁锢牢笼。
秦逸引导不完美之种残存的力量，在舰队周围形成“共生防护罩”。防护罩与银丝接触的瞬间，爆发出激烈的能量碰撞。他趁机驾驶穿梭机冲向网络核心，却发现核心处悬浮着一颗跳动的“秩序胚胎”，胚胎表面覆盖着初代神农的面容与火种派的控制代码。“欢迎来到终局，逆命者。”胚胎发出低沉的声音，“这个宇宙的秩序，将由我重新书写。”
秩序胚胎释放“秩序同化风暴”，风暴所到之处，物质与意识被强行统一。觉醒者们的身体开始浮现晶体纹路，意识逐渐被冰冷的秩序思维侵蚀。千钧一发之际，星孩的锈蚀银针突然迸发强光，刺入胚胎表面。银针引发的时间涟漪暂时扰乱了同化进程，秦逸抓住机会，将自身的共生之力、药晶的不完美能量，以及所有觉醒者的反抗意志注入终焉之剑，斩出“逆命破晓”。
剑刃劈开胚胎的瞬间，整个齿轮网络开始崩塌，秩序星骸纷纷解体。但在爆炸的余波中，秩序胚胎的核心处，一粒暗紫色的“终末种子”悄然坠入未知星系。而不完美之种内的秩序孢子受到波动影响，开始加速苏醒，林婉的星光在奋力压制中变得愈发微弱。
宇宙看似恢复平静，然而在某个被遗忘的角落，终末种子接触到富含秩序能量的陨石，瞬间生根发芽。它生长出的藤蔓上，结满了闪烁着幽蓝光芒的果实，每个果实内部，都封存着一个被秩序化的文明世界。与此同时，秦逸体内的暗紫色代码突然活跃起来，在他的经脉中勾勒出新的纹路，而神秘的黑袍身影，正透过果实的幽光，冷冷注视着这一切...