暗紫色光束如瘟疫般扩散至各个星系，裂缝文明的监测网络瞬间瘫痪。残存的数据显示，那些被光束击中的星球，地壳下正滋生出诡异的紫色脉络，其蔓延速度远超常规生物的生长周期。不完美之种的藤蔓突然集体蜷缩，叶片渗出腐蚀性的黑色汁液，林婉的星光在花蕊中闪烁出不详的血色：“这些脉络...是失衡种子的根系，它们在汲取星球的本源能量！”
秦逸的平衡印记泛起灼烧般的剧痛，他的意识被拽入一片由破碎星图构成的空间。无数暗紫色的种子悬浮其中，黑袍人的意识如雾气般缠绕着种子：“秦逸，你以为斩断核心就能阻止失衡？这些种子早已植入文明的根基。”随着他的低语，种子纷纷裂开，释放出的黑雾中浮现出文明堕落的幻象——机械文明将整个星系改造成吞噬能量的巨构，修真文明为争夺资源发动毁天灭地的战争。
觉醒者们紧急启动“清种计划”，驾驶配备了量子扫描仪的“净界号”战舰奔赴受感染的星域。然而，刚进入人马座β星系，飞船便遭遇“畸变守卫者”的阻拦。这些怪物由被污染的星球生态与失衡能量融合而成，形态怪诞至极：有的化作长满金属藤蔓的巨型树人，每片叶子都能发射腐蚀光线；有的分裂成无数液态生物，可随意重组形态并吞噬攻击。残缺派修士结出“万劫混沌破”，黑色的混沌能量却在接触怪物时被转化为强化它们的养分；裂缝文明发射的“维度裂解弹”，反而引发了空间的连锁崩塌。
“它们的弱点是能量共鸣频率！”小女孩将机械心脏与不完美之种的幼苗相连，启动“生命频率同步”程序。金色的共振波穿透战场，部分守卫者的动作出现僵直，显露出体内跳动的暗紫色核心。秦逸趁机挥动融合武器，斩出“逆命清肃之光”，剑刃上的共生纹路与平衡印记交相辉映，成功击碎了部分守卫者。但每摧毁一个怪物，其残骸中的紫色能量便会注入地底，加速失衡种子的生长。
突破防线后，众人抵达被感染星球的地表。眼前的景象触目惊心：城市沦为废墟，植物扭曲成尖锐的骨刺，天空中漂浮着由暗紫色能量构成的漩涡。在星球核心处，一颗巨大的失衡种子正在膨胀，其表面浮现出与黑袍人意识相同的纹路。“想要阻止种子萌发，必须同时摧毁所有根系！”裂缝文明的科学家分析道，“但这些根系已渗透星球的每个角落，常规攻击只会加速爆炸。”
千钧一发之际，秦逸引导共生之力，在虚空中构建出“生命共鸣网络”。他将全宇宙文明对自然的敬畏、对生命的尊重注入网络，金色的光芒顺着紫色脉络蔓延，逐渐净化被污染的能量。然而，当光芒触及种子核心时，黑袍人的意识突然爆发：“太晚了！”种子剧烈震颤，释放出“失衡终焉波”，所到之处，物质被分解成秩序与混沌的混乱状态。
净界号在波流中摇摇欲坠，船员们的身体开始出现量子化分解。关键时刻，小女孩将机械心脏与星桥的所有能量连接，启动“希望共振矩阵”。全宇宙文明的祈愿化作璀璨的星河，与终焉波激烈碰撞。秦逸抓住机会，将共生之力、不完美之种的净化能量，以及初代神农残留的秩序本源全部注入武器，斩出“逆命共生净化”。
光芒击碎种子的瞬间，整个星球发出痛苦的轰鸣，紫色脉络开始崩解。但在种子彻底毁灭前，无数细小的孢子从核心喷射而出，飞向各个星系。黑袍人的意识在消散前发出狂笑：“失衡的循环...永不停息！”战斗结束，受感染的星球逐渐恢复生机，但秦逸望着漫天飘散的孢子，深知这场与失衡种子的博弈才刚刚开始。不完美之种重新绽放出新芽，藤蔓缠绕在净界号上，仿佛在传递新的希望——只要共生的信念不灭，就永远有对抗黑暗的力量。