满桂所部攻灭叶尔羌汗国，捷报于天启十九年（1639年）年中传入京城，随之而来的是一份多尔衮三兄弟的联名上书，以及满桂上表的请罪奏章。
捷报就不多做赘述了，而三兄弟的联名上书就有意思了。
奏章的内容很简单，作为后金皇族余孽，三兄弟在军中愈发位高权重，这代表着什么，作为熟读史书的三兄弟非常清楚。于是兄弟三人请求以本次灭叶尔羌汗国的所有功绩，换皇帝朱由校为三人赐名。
做戏也好，真心也罢。总之，三兄弟诚意满满。
满桂的自请弹劾奏章，主要内容便是作为本次灭之战的最高指挥官。在征战过程中，明军犯下了烧杀辱掠，甚至还有杀俘的罪状，严重影响了大明的光辉形象以及造成的恶劣影响。因此，他不光如实汇报了此事，还将责任全部揽入了自己身上。
满桂的奏章引起了轩然大波，一些道德派纷纷上书请求皇帝将多铎以谋反罪诛杀，而更多的人选择了沉默。
因为，多铎的身份太过于特殊了。
朱由校同样陷入了沉思，换个角度，多铎绝对算得上满清第一功臣，其创下的功绩绝对是远超其兄多尔衮的。但其生性残暴，谁也不服，这也是他身上最大的毛病。
如今，其残暴的一面终究还是暴露出来，不管终究不算是个事。如何管便成了一个非常讲究的事情了。
最终苦思冥想之后，朱由校下旨封赏了此战中获得战功的将领们。
首先满桂作为主帅，底下将领犯下大罪。所以，朝廷没有给予任何奖励，属于功过相抵。
作为此次攻灭叶尔羌汗国的大功臣，济尔哈朗被册封为长春伯，军衔也由少将师长升为中将，同时还兼任南疆留守大臣。
而对另一位大功臣多铎的奖罚就有些让人捉摸不透了。仿佛被当做了小透明，整个圣旨中仅在最后留下一段话。大意是将多铎召回京师，113师师长职位暂由底下副师长统领，入军官学校就任副院长，骑战讲师。
上校军衔被保留，但是却被调离了第一线，就任军官学校副院长，没有其他任何的处罚。
二十六岁的院长，也算是一种莫大的殊荣了。
......
在成功占据南疆之后，吐鲁番自治领的实际情况已经与它的名称不太相符了。于是，经过深思熟虑和广泛讨论，吐鲁番自治领正式更名为西域自治领。这个决定并非偶然，而是基于多方面的考虑。
首先，自治领的控制面积得到了极大的扩张。原本只有十万多平方公里的土地，如今已经扩大到了百万平方公里，整整增加了十倍！这意味着更多的资源和发展空间，为自治领的未来奠定了坚实的基础。
其次，人口数量也有了显着的增长。从原有的四十余万增加到九十万多万将近百万，这不仅代表着劳动力的增加，更意味着市场的扩大和经济的繁荣。大量的人口为自治领带来了更多的活力和创造力，也为各种产业的发展提供了充足的人力资源。
除了人口和土地的变化，自治领的经济结构也发生了重要的转变。在统治区域内，牛羊的数量多得难以计数，这不仅为当地居民提供了丰富的食物来源，更为吐鲁番驻军的军粮采购提供了可靠的保障。同时，农业、畜牧业等传统产业的发展也为经济增长注入了强大动力。
然而，最关键的变化还在于叶尔羌的战略地位。这片区域扼守着通往中亚的丝绸之路，其重要性不言而喻。在唐代，叶尔羌被称为莎车国，是中亚丝绸之路的重要中转点，商业活动异常繁忙。如今，来自各地的商队络绎不绝，包括来往于叶尔羌和吉尔吉斯人的奥什城之间的商队，以及从阿克苏、伊犁到哈萨克汗国的阿拉木图等城市的商队。
占据叶尔羌之后，中亚地区对大明敞开了怀抱。这个一直以来没有一个统一国家的地区，如今不光成为了大明的潜在市场和合作伙伴。也即将成为明国铁骑的下一个目标，展现出大明帝国在中亚地区的雄心壮志和影响力。
虽然明国攻灭了叶尔羌汗国，但是当地的局势并没有马上平稳下来。反而因为多铎被解职，回京述职之后反而显得更加混乱不堪。
原来，他在占领噶尔喀什时，白山派领袖穆罕默德?玉素甫与其子穆罕默德?阿帕克第一时间投靠了多铎，并通过其在当地的宗教影响力，迅速的帮助多铎拉拢了几十个部落。不光如此，在随后的平稳噶尔喀什局势以及对叶尔羌城的攻城战，父子二人都为明军出了老大的力气。
父子二人如此尽心尽力地为大明效劳，自然得到了满桂的赞赏和认可。然而，城破之后，这对父子却带领着从喀什而来的信徒对叶尔羌城内的黑山派发动了一场惨绝人寰的大屠杀。这场血腥的杀戮引起了当地牧民的不满，以及明军主将满桂的不高兴，他对这对父子的行为深感震惊和愤怒。
紧接着，多铎被解职，这一事件使得满桂意识到需要采取更为果断的措施来维护南疆地区的稳定和控制。为了平息宗教之间的矛盾，满桂决定出手干预。
首先，他果断地解除了各部落番兵的武装，以防止他们再次引发暴力冲突。这一举措显示了满桂的决心和果断，他不允许任何可能破坏和平的因素存在。
然后，满桂将穆罕默德·玉素甫父子送回了噶尔喀什城，并任命他们为白山宗宗主。这一举动既显示了满桂对这对父子的一定程度的宽容，也体现了他在处理宗教事务时的灵活性和策略性。
最后，满桂在叶尔羌城拥立了伊斯哈克·瓦里为黑山宗宗主。这样一来，他成功地在两宗之间建立了一种平衡，避免了一方过于强大而引发更多的冲突。
同时，满桂还对两宗的行为准则做出了明确的约定。他强调明国对于宗教的态度是，只要宗教活动有利于明国的统治，那么明国将会全力支持并维护宗教自由。然而，如果宗教行为威胁到了国家的安全和稳定，那么明人手中的屠刀绝对不会留情，必将高高举起。
通过这一系列的举措，满桂展现了他在处理复杂的宗教和政治问题上的智慧和决断力。他既维护了明国的统治权威，又在一定程度上平衡了不同宗教势力之间的关系，为南疆地区的长期稳定奠定了基础。
在满桂一系列的动作之下，白山派与黑山派之间的矛盾暂时被压制了下来，但是两派之间无论如何也不可能最终走上和解的道路，这也导致了未来南疆的不稳定留下了一定的伏笔。