公元600年春季，二月，熙州人李英林发动叛乱。三月，辛卯日，朝廷任命扬州总管司马、河内人张衡为行军总管，率领五万步兵和骑兵讨伐并平定了叛乱。
贺若弼又因获罪被关进监狱，隋文帝列举他的罪状说：“你有三个‘太过分’：嫉妒心太过分，自以为是、颠倒是非的心太过分，目无君主的心太过分。”不久后又释放了他。后来有一天，隋文帝对侍臣说：“贺若弼在即将讨伐陈朝时，对高颎说：‘陈叔宝一定能被平定。难道会出现飞鸟打尽、良弓收藏的结局吗？’高颎说‘绝对不会这样。’等到平定陈朝后，贺若弼立刻索要内史的官职，之后又索要仆射之位。我对高颎说：‘功臣本该授予勋官，不能参与朝政。’贺若弼后来又对高颎说：‘皇太子对我，无话不谈、毫无保留。你终究会依靠我的力量，何必这样沉默不语呢！’他图谋广陵，又图谋荆州，这两处都是容易发生叛乱的地方，他的野心始终没有改变。”
夏季，四月壬戌日，突厥达头可汗侵犯边境，隋文帝下诏命令晋王杨广、杨素从灵武道出兵，汉王杨谅、史万岁从马邑道出兵，攻打突厥。
长孙晟率领归降的突厥人担任秦州行军总管，接受晋王杨广的指挥。长孙晟知道突厥人饮用泉水，容易下毒，于是就搜集各种毒药投放到泉水上游，突厥的人畜饮用后大多死亡，突厥人大惊失色说：“上天降下恶水，是要灭亡我们吗！”于是连夜逃走。长孙晟率军追击，斩杀一千多人。
史万岁出塞后，抵达大斤山，与突厥军队相遇。达头可汗派使者询问：“隋朝的将领是谁？”侦察骑兵回复：“是史万岁。”突厥使者又问：“难道是当年那个敦煌戍卒吗？”侦察骑兵说：“正是他。”达头可汗害怕，于是率军撤退。史万岁驰马追击一百多里，发兵猛攻，大败突厥军队，斩杀几千人；又乘胜追击，深入沙漠几百里，直到突厥人远远逃走才率军返回。隋文帝下诏派长孙晟再次返回大利城，安抚新归附的突厥人。
达头可汗又派他的侄子俟利伐从沙漠东面攻打启民可汗，隋文帝再次出兵帮助启民可汗防守战略要地；俟利伐战败后逃回沙漠。启民可汗上奏表谢恩说：“大隋圣人可汗怜悯养育百姓，如同上天无所不覆盖，大地无所不承载。我染干就像枯木重新长叶，枯骨重新长肉，千秋万代，永远为大隋掌管牛羊马匹。”隋文帝又派赵仲卿为启民可汗修筑金河、定襄两座城池。
秦孝王杨俊长期患病，无法起身，派人上奏表谢恩。隋文帝对他的使者说：“我竭尽全力创下这份大业，制定家训、树立榜样，希望臣子们遵守。你是我的儿子，却想败坏这份家业，我不知道该如何责罚你！”杨俊又惭愧又恐惧，病情也愈发严重了，隋文帝于是再次授予他上柱国的官职；六月丁丑日，杨俊去世。隋文帝为他哭了几声就停了下来。杨俊生前建造的奢侈华丽的物品，隋文帝下令全部烧毁。王府的官员请求为他立碑，隋文帝说：“想要留名，一卷史书就足够了，何必用石碑呢！如果子孙不能保住家业，石碑不过是给别人当垫脚石罢了！”杨俊的儿子杨浩，是崔妃所生；庶子名叫杨湛。群臣迎合隋文帝的心意，上奏说：“汉朝栗姬的儿子刘荣、郭皇后的儿子刘强，都随着母亲被废黜而失去继承权，如今秦王的两个儿子，母亲都有罪过，不应该继承爵位。”隋文帝采纳了他们的建议，让秦国的官员担任丧主。
起初，隋文帝让太子杨勇参与决断军国政事，杨勇有时会提出修改意见，隋文帝都会采纳。杨勇性格宽厚，行事随心所欲，没有虚伪掩饰的行为。隋文帝生性节俭，杨勇曾经对蜀地出产的铠甲进行纹饰美化，隋文帝看到后很不高兴，告诫他说：“自古以来，没有哪个帝王喜好奢侈而能长久统治的。你作为皇位继承人，应当把节俭放在首位，才能供奉宗庙。我过去的衣服，各留下一件，时常拿出来看看，以此警戒自己。我担心你因为现在皇太子的身份而忘记过去的事情，所以赐给你我过去佩戴的一把刀，还有一盒酱菜，这是你当年做上士时经常吃的东西。如果能记住过去的事，就应该明白我的心意。”
后来到了冬至，文武百官都前往东宫朝见杨勇，杨勇设置音乐接受朝贺。隋文帝知道后，问朝中大臣：“最近听说冬至那天，朝廷内外的百官一起去东宫朝见，这是什么礼仪？”太常少卿辛亶回答说：“到东宫，是祝贺，不能说是朝见。”隋文帝说：“祝贺的人按理说不过几十人，各自随意来去，怎么会由有关部门征召，一时之间全部聚集！太子穿着礼服、设置音乐来接待他们，合适吗？”于是下诏说：“礼仪有等级差别，君臣不能混淆。皇太子虽然是皇位继承人，兼具臣子的身份，但各地的州牧、郡守在冬至这天朝贺，进献地方特产，却另外向皇太子上贡；这种做法不符合典章制度，应当全部停止！”从此，隋文帝对杨勇的恩宠开始衰减，逐渐产生猜疑和隔阂。
杨勇有很多内宠，昭训云氏尤其受宠爱。他的妃子元氏不受宠，因此患上心病，两天后就去世了。独孤皇后怀疑其中有别的原因，于是责备杨勇。从此，云昭训专掌东宫内政，生下长宁王杨俨、平原王杨裕、安成王杨筠；高良娣生下安平王杨嶷、襄城王杨恪；王良媛生下高阳王杨该、建安王杨韶；成姬生下颍川王杨煚；后宫还生下杨孝实、杨孝范。独孤皇后因此对他更加不满了，还多次派人暗中监视，寻找杨勇的过错。晋王杨广则极力伪装自己，只和萧妃居住在一起，后宫有孩子都不养育，独孤皇后因此多次称赞杨广贤德。对于掌权的大臣，杨广都倾心结交。隋文帝和独孤皇后每次派身边的人到杨广那里，无论地位高低，杨广都会和萧妃亲自到门口迎接，为他们准备丰盛的饭菜，并送上厚重的礼物；来往的奴婢仆人，没有不称赞他仁孝的。隋文帝和独孤皇后曾经亲临他的府邸，杨广把所有美丽的姬妾都藏到别的房间，只留下年老丑陋的，让她们穿着朴素的衣服，在身边侍奉；屏帐改用素色的细绢；故意弄断乐器的琴弦，不让人拂去上面的灰尘。隋文帝看到后，认为他不喜好声色，回到宫中后，便告诉侍臣，心里非常高兴。侍臣们都表示祝贺，从此，隋文帝对杨广的喜爱超过了其他儿子。
隋文帝暗中让善于相面的来和逐一观察各个儿子，来和回答说：“晋王眉毛上方的两块骨头隆起，富贵不可言说。”隋文帝又问上仪同三司韦鼎：“我的几个儿子中，谁能继承皇位？”韦鼎回答说：“至尊、皇后最喜爱的人，就会把皇位传给谁，这不是我敢预先知道的。”隋文帝笑着说：“你不肯明说吗！”
晋王杨广容貌俊美，仪态端庄，生性聪慧，深沉稳重；爱好学习，擅长写文章；恭敬地接待朝中大臣，礼节极为谦卑；因此声名远扬，在诸王中位居第一。
杨广担任扬州总管，入朝觐见后，即将返回藩镇，入宫向独孤皇后辞行，趴在地上流泪，独孤皇后也潸然泪下。杨广说：“我生性愚笨，一直坚守兄弟之间的情谊，不知道犯了什么罪过，失去了东宫太子的喜爱，他常常心怀怒气，想要陷害我。我每次都担心会像曾参那样，因为别人的流言蜚语而被怀疑，或者在饮食中遭遇毒杀，因此忧心忡忡，害怕遭遇危险和死亡。”独孤皇后愤怒地说：“睍地伐（杨勇的小名）越来越让人无法忍受！我为他娶了元氏女子，他竟然不以夫妇之礼对待她。专门宠爱阿云，生下这么多猪狗一样的孩子。之前元氏媳妇被毒害而死，我也没能彻底追查，他为什么又对你有这样的想法！我还在世他就敢这样，我死后，他难道不会把你们当作鱼肉任意宰割吗！每次想到东宫没有嫡长子，等至尊百年之后，让你们兄弟向阿云的儿子跪拜问安，这是多么痛苦的事情啊！”杨广再次下拜，呜咽不止，独孤皇后也悲痛不已。从此，独孤皇后下定决心要废黜杨勇，立杨广为太子。
杨广向来和安州总管宇文述关系友好，想要让宇文述亲近自己，于是上奏朝廷，任命他为寿州刺史。杨广尤其亲近信任总管司马张衡，张衡为杨广谋划了夺取太子之位的策略。杨广向宇文述询问计策，宇文述说：“皇太子失宠已经很久了，没有听说他有什么美好的德行传遍天下。大王以仁孝着称，才能盖世，多次领兵出征，立下赫赫战功；皇上和皇后都非常喜爱你，天下百姓的期望，实际上都寄托在大王身上。然而，废立太子是国家大事，涉及父子骨肉之间的关系，实在不容易谋划。不过，能够改变皇上心意的，只有杨素一人，而杨素谋划事情，只会和他的弟弟杨约商量。我向来了解杨约的为人，请允许我前往京师，与杨约相见，共同谋划这件事。”杨广非常高兴，拿出很多金银珠宝，资助宇文述入关。
当时杨约担任大理少卿，杨素无论做什么事情，都会先和杨约商议，然后再付诸实施。宇文述邀请杨约见面，陈列了大量珍贵的器物古玩，和他畅饮，接着一起赌博，每次都假装输了，把带来的金银珠宝全部输给了杨约。杨约得到的财物越来越多，逐渐向宇文述表示感谢。宇文述趁机说：“这些都是晋王赏赐的，让我和你一起玩乐罢了。”杨约大惊说：“为什么要这样？”宇文述于是转达了杨广的意思，劝说他：“坚守正道、遵循礼仪，本来是臣子的常道；但违背常规而合乎道义，也是通达之人的良策。自古以来，贤能的君子，没有不顺应时势变化来躲避祸患的。你和兄长杨素，功劳名声盖世，当权执政已经多年了，被你们家羞辱过的朝臣，数不胜数！另外，皇太子因为他的愿望不能实现，常常对执政大臣咬牙切齿；你虽然深得皇上信任，但想要危害你们的人本来就很多！皇上一旦驾崩，你们又能依靠谁呢！如今皇太子失去了皇后的喜爱，皇上也早有废黜他的心意，这是你知道的。现在如果能劝说皇上立晋王为太子，这件事只在你兄长杨素的一句话罢了。如果真能在这个时候立下大功，晋王一定会永远铭记在心，这样你们就能摆脱危如累卵的处境，成就稳如泰山的安全。”杨约表示同意，于是把这件事告诉了杨素。杨素听后，非常高兴，拍着手说：“我的智谋，远不如你，多亏你提醒我。”杨约知道计策可行，又对杨素说：“如今皇后的话，皇上没有不听从的，应该趁机早日主动结交皇后，这样才能长久保住荣华富贵，传给子孙后代。兄长如果犹豫不决，一旦情况发生变化，让太子掌权，恐怕灾祸很快就会降临了！”杨素采纳了他的建议。
几天后，杨素入宫侍奉宴会，委婉地说：“晋王孝顺友爱、恭敬节俭，和皇上很相似。”用这句话揣摩独孤皇后的心意。独孤皇后流泪说：“你说得对！我的儿子非常孝顺，每次听说皇上和我派使者去，一定会到边境迎接；说起分别的事情，没有不流泪的。而且他的妻子也非常可怜，我派婢女去，她常常和婢女一起吃饭睡觉。哪里像睍地伐，和阿云对坐，整天饮酒作乐，亲近小人，猜忌疏远骨肉兄弟！我之所以更加疼爱阿麻女（杨广的小名），是因为常常担心他被睍地伐暗中杀害。”杨素知道了皇后的心意后，就极力述说太子杨勇没有才能。独孤皇后于是赠送金银给杨素，让他劝说隋文帝废立太子。
杨勇对他们的谋划颇有察觉，心中忧虑恐惧，却想不出应对的办法，于是派新丰人王辅贤制作各种诅咒制胜的器物；又在后宫花园里建造了一个平民村，房屋简陋，杨勇时常在里面居住，穿着粗布衣服，铺着草席，希望以此来避祸。隋文帝知道杨勇心神不宁，便在仁寿宫派杨素去观察杨勇的所作所为。杨素到了东宫，故意在外面休息，不进去拜见，杨勇穿戴整齐等待他，杨素却故意拖延很久才进去，以此激怒杨勇；杨勇心中的怨恨之情，表现在言语和神色上。杨素回去后对隋文帝说：“太子心怀怨恨，恐怕会发生变故，希望陛下多加防备！”隋文帝听了杨素的诋毁，对杨勇更加猜疑了。独孤皇后又派人暗中监视东宫，哪怕是极小的事情，都会上报给隋文帝，并且加以歪曲夸大，来构成杨勇的罪状。
隋文帝于是疏远并猜忌杨勇，在玄武门到至德门之间设置了侦察人员，来监视杨勇的动静，所有事情都会随时上报。另外，东宫的侍卫人员，凡是侍官以上的，名册都划归到各个卫府管辖，有勇力的人都被调离。隋文帝还把左卫率苏孝慈调出京城，担任淅州刺史，杨勇因此更加不高兴了。太史令袁充对隋文帝说：“我观察天象，皇太子应当被废黜。”隋文帝说：“天象早就显现了，只是群臣不敢说罢了。”袁充是袁君正的儿子。
晋王杨广又命令督王府军事、姑臧人段达私下贿赂东宫受宠的大臣姬威，让他监视太子的动静，并将这些事秘密报告给杨素；于是朝廷内外到处都是对杨勇的诽谤，他的过失每天都能传到隋文帝耳中。段达趁机威胁姬威说：“太子的过失，皇上都已经知道了。皇上已经下达密诏，决定废黜太子；你如果能告发太子，就会得到大富贵！”姬威答应了，立即上书告发杨勇。
秋季，九月壬子日，隋文帝从仁寿宫返回京城。第二天，驾临大兴殿，对侍臣说：“我刚回到京城，本应心情舒畅；不知道为什么，反而闷闷不乐、忧愁烦恼！”吏部尚书牛弘回答说：“我们这些做臣子的不称职，所以让至尊忧虑操劳。”隋文帝已经多次听到对杨勇的诋毁，怀疑朝臣们都知道了废立太子的事情，所以在众人面前发问，希望听到关于杨勇的过失。牛弘的回答不符合他的心意，隋文帝于是脸色一变，对东宫的官员说：“仁寿宫离京城不远，但我每次返回京城，都要严密防备，就如同进入敌国一样。我因为腹泻，不敢脱衣服睡觉。昨天夜里想要去厕所，担心后宫有紧急情况，于是又移到前殿居住，这难道不是你们这些人想要败坏我的家业吗！”于是下令逮捕太子左庶子唐令则等人，将他们交给有关部门审讯；命令杨素向亲近的大臣陈述东宫的情况。
杨素于是公开说：“我奉陛下的命令返回京城，让皇太子核查刘居士的残余党羽。太子接到诏书后，脸色大变，情绪激动，怒不可遏，对我说：‘刘居士的党羽都已经伏法了，让我到哪里去追查！你担任右仆射，责任重大，应该自己去核查，和我有什么关系！’又说：‘当年如果大事不成（指隋文帝夺取天下时），我首先会被诛杀，如今皇上当了天子，竟然让我不如各个弟弟，任何事情都不能自作主张！’接着长叹一声，回头看着我说：‘我觉得自己太碍事了。’”隋文帝说：“这个儿子早就不能胜任皇位继承人了，皇后一直劝我废黜他。我因为他是我平民时期所生，又位居长子，希望他能逐渐改正错误，所以一直忍耐到现在。杨勇曾经指着皇后的侍女对别人说：‘这些都是我的东西。’这句话听起来多么奇怪！他的妻子元氏刚去世时，我非常怀疑她是被毒害的，曾经责备过他，杨勇立刻怨恨地说：‘我迟早会杀了元孝矩（元氏的父亲）。’这是想要害我，却把怒气发泄到别人身上。长宁王（杨俨）刚出生时，我和皇后一起抚养他，杨勇却心怀猜忌，多次派人来索要。而且云定兴的女儿，是在外面私通生下的孩子，想到她的出身，怎么能确定是杨勇的亲生儿子！过去晋朝的太子娶了屠夫的女儿，他们的儿子就喜欢屠杀。如今如果太子的儿子不是亲生的，就会扰乱皇家宗庙。我虽然德行比不上尧、舜，但终究不会把天下百姓交给不成器的儿子！我一直害怕他会加害于我，防备他就像防备强大的敌人一样；现在我想要废黜他，来安定天下！”
左卫大将军、五原公元旻劝谏说：“废立太子是大事，如果诏书下达，后悔就来不及了。谗言没有边际，希望陛下明察。”
隋文帝没有回应，而是命令姬威详细陈述太子的罪恶。姬威回答说：“太子向来和我说话，一心只想着骄奢淫逸，还说：‘如果有劝谏我的人，就应该把他杀掉，不杀一百来人，就不会永远断绝劝谏。’他不断地营建宫殿楼台，一年四季都不停歇。之前苏孝慈被免去左卫率的官职，太子气得胡须竖起、挥动手臂说：‘大丈夫总有一天，终究不会忘记这件事，一定要报仇雪恨，称心如意。’另外，东宫所需的物品，尚书省很多都按照规定不予供应，太子就发怒说：‘仆射以下的官员，我迟早要杀一两个人，让他们知道怠慢我的下场。’太子还经常说：‘皇上讨厌我有很多庶出的儿子，高纬、陈叔宝难道都是嫡出的儿子吗！’他曾经让女巫占卜吉凶，并对我说：‘皇上的忌日在开皇十八年，这个日子越来越近了。’”隋文帝流下眼泪说：“谁不是父母所生，他竟然能做出这样的事情！我最近翻阅《齐书》，看到高欢放纵他的儿子，心中非常愤怒，朕怎么能效仿他呢！”于是下令囚禁杨勇和他的各个儿子，另外部署人手逮捕他的党羽。杨素擅长玩弄法律条文，就故意诋毁，罗织罪名，构陷成狱。
过了几天，有关部门秉承杨素的心意，上奏说元旻常常曲意侍奉杨勇，心怀依附托付之情，在仁寿宫时，杨勇派亲信裴弘送信给元旻，信上题字写着“勿令人见”。隋文帝说：“我在仁寿宫时，哪怕是极小的事情，东宫必定立刻知晓，速度比驿马还快，我对此疑惑很久了，难道不就是这些人在传递消息吗！”于是派武士在仪仗队中逮捕了元旻。右卫大将军元胄当时本该下班，却没有离开，趁机上奏说：“我刚才没有下班，就是为了防备元旻啊。”隋文帝将元旻和裴弘关进监狱。
在此之前，杨勇看到一棵干枯的老槐树，问道：“这棵树能用来做什么？”有人回答说：“古槐最适合取火。”当时卫士们都佩戴着火燧，杨勇于是命令工匠打造了几千个火燧，想要分赐给身边的人；到这时，这些火燧在府库中被搜出。另外，药藏局储存了几斛艾草，也被搜了出来，隋文帝对此大为奇怪，就问姬威，姬威说：“太子的心思根本不在这些东西上，至尊在仁寿宫时，太子常常饲养一千匹马，还说：‘直接去守住城门，自然就能把至尊饿死。’”杨素用姬威的话质问杨勇，杨勇不服气，说：“我听说公家有几万匹马，我身为太子，养一千匹马，难道就是谋反吗！”杨素又搜出东宫中装饰华丽的服饰玩物，把它们全部陈列在庭院中，展示给文武百官看，作为太子的罪证。隋文帝和独孤皇后接连派使者责备杨勇，杨勇始终不服。
冬季，十月乙丑日，隋文帝派人召见杨勇，杨勇见到使者，惊慌地说：“难道是要杀我吗？”隋文帝身穿军服，陈列军队，驾临武德殿，召集百官站在东面，各位皇亲站在西面，把杨勇和他的儿子们带到殿庭中排列好，命令内史侍郎薛道衡宣读诏书，废黜杨勇以及他那些被封为王、公主的儿女，全部贬为平民。杨勇拜了两拜说：“我本该被斩首示众，作为后人的鉴戒；幸好承蒙陛下怜悯，得以保全性命！”说完，泪水浸湿了衣襟，然后行礼退下，左右的人没有不怜悯沉默的。长宁王杨俨上奏表请求担任宫廷侍卫，言辞恳切哀伤；隋文帝看后心生怜悯。杨素进言说：“希望陛下像砍去被毒刺扎到的手指一样果断，不应该再对他留情。”
己巳日，隋文帝下诏：“元旻、唐令则以及太子家令邹文腾、左卫率司马夏侯福、典膳监元淹、前吏部侍郎萧子宝、前主玺下士何竦，全部处斩，他们的妻妾子孙都没收为官奴。车骑将军榆林人阎毘、东郡公崔君绰、游骑尉沈福宝、瀛州术士章仇太翼，特别赦免死罪，各打一百杖，本人以及妻子儿女、财产田宅全部没收。副作大匠高龙叉、率更令晋文建、通直散骑侍郎元衡，全部处死。”于是在广阳门外召集百官，宣读诏书后将这些人处决。随后把杨勇转移到内史省关押，供给五品官规格的饮食。赏赐杨素三千段丝织品，元胄、杨约各一千段，以表彰他们审理杨勇案件的功劳。
文林郎杨孝政上书劝谏说：“皇太子是被小人误导，应该加以教诲，不应该废黜。”隋文帝大怒，用鞭子抽打他的胸膛。
起初，云昭训的父亲云定兴，出入东宫毫无节制，多次进献奇装异服和珍奇器物来讨好杨勇；左庶子裴政多次劝谏，杨勇不听。裴政对云定兴说：“您的所作所为不符合法度。另外，元妃突然去世，外面议论纷纷，这对太子的名声没有好处。您应该主动引退，否则将会招来祸患。”云定兴把这话告诉了杨勇，杨勇因此更加疏远裴政，后来把他调出京城，担任襄州总管。唐令则被杨勇亲近宠爱，杨勇常常让他教东宫的宫女弹唱，右庶子刘行本责备他说：“庶子应当用正道辅佐太子，怎么能在后宫中讨好取悦呢！”唐令则非常惭愧，但始终没有改正。当时沛国人刘臻、平原人明克让、魏郡人陆爽，都因为文学才华被杨勇亲近；刘行本对他们不能劝导保护太子感到愤怒，常常对这三个人说：“你们只知道读书罢了！”夏侯福曾经在阁内和杨勇嬉戏，夏侯福放声大笑，声音传到外面。刘行本听到后，等他出来，就责备说：“殿下宽容，对你和颜悦色。你是什么小人，行事竟敢如此轻慢无礼！”于是把他交给执法官员治罪。几天后，杨勇为夏侯福求情，才把他释放。杨勇曾经得到一匹好马，想要让刘行本骑上观看，刘行本严肃地说：“至尊任命我为庶子，是希望我辅佐殿下，不是让我做殿下的弄臣。”杨勇感到惭愧，于是作罢。等到杨勇被废黜时，裴政和刘行本已经去世，隋文帝感叹说：“如果裴政、刘行本还在，杨勇不至于落到这个地步。”
杨勇曾经宴请东宫官员，唐令则亲自弹琵琶，演唱《娬媚娘》。洗马李纲起身对杨勇说：“唐令则身为东宫官员，职责是辅佐教导太子；却在大庭广众之下把自己当作歌舞艺人，演唱淫靡之音，污染视听。这件事如果被皇上知道，唐令则的罪责难以预料，难道不会连累殿下吗！我请求立刻治他的罪！”杨勇说：“我只是想取乐罢了，你不要多管闲事！”李纲于是快步退出。等到杨勇被废黜，隋文帝召见东宫官员严厉责备，众人都惶恐不安，没有人敢回应。只有李纲说：“废立太子是大事，如今文武大臣都知道这样做不合适，却没有人敢说话，我怎么敢怕死，不向陛下把话说清楚呢！太子的本性是中等水平，可以变好，也可以变坏。如果陛下当初选择正直的人辅佐他，他完全能够继承皇位，保住大业。如今却任命唐令则为左庶子，邹文腾为家令，这两个人只知道用弹唱、打猎来取悦太子，太子怎么会不落到这个地步呢！这是陛下的过错，不是太子的罪过。”说完趴在地上流泪呜咽。隋文帝沉默了很久，神色凄惨地说：“李纲责备我，并不是没有道理，但是你只知其一，不知其二。我选择你做东宫官员，而杨勇却不亲近信任你，即使再换正直的人，又有什么用呢！”李纲回答说：“我之所以不被太子亲近信任，确实是因为奸臣在他身边的缘故。陛下只要杀掉唐令则、邹文腾，再选拔贤才辅佐太子，怎么知道我最终会被疏远抛弃呢！自古以来，废黜嫡长子，很少有不导致国家危亡的，希望陛下慎重考虑，不要留下后悔。”隋文帝听后很不高兴，便结束了朝会，左右的人都为李纲感到害怕。恰逢尚书右丞一职空缺，有关部门请求任命人选，隋文帝指着李纲说：“这是合适的右丞人选！”立刻任命他担任尚书右丞。
太平公史万岁从大斤山返回，杨素嫉妒他的功劳，对隋文帝说：“突厥本来已经投降，最初并没有侵犯边境，只是来边塞放牧罢了。”于是压下了史万岁的功劳不报。史万岁多次上书陈述情况，隋文帝始终没有醒悟。隋文帝废黜太子后，正在彻底追查东宫的党羽。隋文帝问史万岁在哪里，史万岁其实就在朝堂上，杨素却说：“史万岁去拜见东宫太子了！”以此激怒隋文帝。隋文帝信以为真，下令召见史万岁。当时史万岁率领的将士有几百人在朝堂上喊冤，史万岁对他们说：“我今天一定向皇上为你们极力申诉，事情一定会有结果。”见到隋文帝后，史万岁说：“将士们立下功劳，却被朝廷压制！”言辞慷慨激昂。隋文帝大怒，命令左右侍从将他打死。不久后又派人去追悔，但是已经来不及了，于是下诏陈述史万岁的罪状，天下人都为他感到冤枉惋惜。
十一月戊子日，隋文帝立晋王杨广为皇太子。当天天下发生地震，太子杨广请求降低自己的礼仪等级，东宫官员不再对自己称臣。十二月戊午日，隋文帝下诏批准了他的请求。任命宇文述为左卫率。起初，太子杨广谋划夺取太子之位时，洪州总管郭衍参与其中，因此征召郭衍担任左监门率。
隋文帝把前太子杨勇囚禁在东宫，交给太子杨广掌管。杨勇认为自己被废黜是无辜的，便多次请求拜见隋文帝申诉冤情，但都被杨广阻止，无法上达。于是杨勇爬上大树大喊，声音传到隋文帝的住处，希望能被召见。杨素趁机说杨勇心神错乱，被疯鬼附身，已经无法挽救。隋文帝相信了他的话，最终没有召见杨勇。
起初，隋文帝攻克陈朝后，天下人都认为将会迎来太平盛世，监察御史房彦谦私下对亲信说：“皇上猜忌刻薄且残酷，太子软弱无能，各位藩王专权跋扈，天下虽然安定，却正在担忧会发生危乱。”他的儿子房玄龄也秘密对房彦谦说：“皇上本来没有什么功德，靠欺诈夺取天下，各个儿子都骄奢不仁，一定会自相残杀，如今虽然表面太平，但隋朝的灭亡指日可待。”房彦谦是房法寿的玄孙。
房玄龄和杜果兄长的孙子杜如晦都被选入朝廷任职，吏部侍郎高孝基善于识人，见到房玄龄后，感叹说：“我见过的人很多，没有像这位年轻人这样的，将来必定会成为栋梁之材，可惜我看不到他成就大业了！”见到杜如晦后，对他说：“你有随机应变的才能，一定会承担国家栋梁的重任。”高孝基把自己的子孙都托付给了他们。
隋文帝晚年深信佛教、道教和鬼神之说，辛巳日，首次下诏：“有盗窃、毁坏佛像以及天尊像、五岳、四镇、四海、四渎神像的人，按不道罪论处；和尚毁坏佛像、道士毁坏天尊像的人，按恶逆罪论处。”
这一年，征召同州刺史蔡王杨智积入朝。杨智积是隋文帝弟弟的儿子。他生性谨慎，家门没有私人拜访，生活简朴，隋文帝因此非常怜爱他。杨智积有五个儿子，只教他们读《论语》《孝经》，不让他们结交宾客。有人问他原因，杨智积说：“你不是了解我的人！”他的意思是担心儿子们有才能而招来祸患。
齐州行参军章武人王伽押送流放囚犯李参等七十多人前往京师，走到荥阳时，怜悯他们旅途辛苦，就把他们全部叫过来说：“你们自己触犯了国家法律，身陷牢狱，本来是应该的；但辛苦押送你们的士兵，你们难道不感到惭愧吗！”李参等人向他道谢。王伽于是全部解开他们的枷锁，让押送的士兵停留下来，和他们约定说：“某天必须到达京师，如果到期不到或者中途逃跑，我会为你们去死。”于是离开他们继续前行。流放的囚犯们感动喜悦，都按时到达京师，没有一个人逃跑叛离。隋文帝听说后非常惊异，于是召见王伽并和他交谈，称赞了很久。又召见所有流放的囚犯，让他们带着妻子儿女一起入宫，在殿庭中设宴款待并赦免了他们。隋文帝因此下诏说：“所有生灵，都有善恶本性，都知道是非对错。如果用至诚之心对待他们，明确加以劝导，那么风俗一定会得到教化，人们都会向善。过去因为天下战乱流离，道德教化废弛断绝，官吏没有慈爱之心，百姓怀有奸诈之意。我想要遵循圣人的法度，用道德教化百姓，而王伽深刻理解我的心意，诚心劝导，李参等人受到感化，主动前往司法部门服罪：这说明天下的百姓，并不是难以教化的。如果所有官员都像王伽这样，百姓都像李参等人这样，那么不用刑罚就能治理好国家，又有什么遥远呢！”于是提拔王伽为雍县县令。
太史令袁充上奏表说：“隋朝建立以来，白天的时间逐渐变长，开皇元年，冬至那天的日影长度是一丈二尺七寸二分；从那以后逐渐变短，到开皇十七年，比原来短了三寸七分。太阳离北极星近，日影就短，白天就长；离北极星远，日影就长，白天就短；太阳运行在黄道内侧，离北极星就近，运行在黄道外侧，离北极星就远。据《元命包》记载：‘日月运行在黄道内侧，天体运行就会正常。’《京房别对》说：‘天下太平，太阳运行在黄道上方；天下升平，运行在黄道中间；称霸天下的时代，运行在黄道下方。’大隋开启国运，上感上天，日影变短，白天变长，这是自古以来罕见的祥瑞。”隋文帝上朝时，对百官说：“日影变长的祥瑞，是上天的保佑。如今太子刚刚确立，应当更改年号，应该取白天变长的意思来制定年号。”从此以后，所有工匠的劳役，都增加了工作量，就是因为白天变长的缘故。工匠们都为此感到困苦。
到了公元601年春季，正月乙酉朔日，朝廷大赦天下，更改年号为仁寿。
接着，又任命尚书右仆射杨素为左仆射，纳言苏威为右仆射。丁酉日，改封河南王杨昭为晋王。突厥步迦可汗侵犯边境，在恒安击败代州总管韩弘。
六月，乙丑日，隋文帝下诏，认为天下学校的学生太多但不精良，只挑选留下国子学学生七十人，太学、四门学以及州县的学校全部废除。前殿内将军河间人刘炫上书恳切劝谏，隋文帝不听。秋季，七月戊戌日，将国子学改为太学。
起初，隋文帝接受北周的禅让，担心民心不服，所以常常宣扬祥瑞来炫耀自己的德行，因此伪造祥瑞并进献的人，数不胜数。冬季，十一月己丑日，在南郊举行祭祀，仪式如同封禅大典，祭文详细叙述了前后出现的祥瑞，来报答上天的保佑。
山獠发动叛乱，任命卫尉少卿洛阳人卫文昇为资州刺史，前去镇抚。卫文昇本名卫玄，以字行世。他刚到任时，山獠正在攻打大牢镇，卫文昇单人独骑前往山獠的营地，对他们说：“我是刺史，奉天子的诏书，来安抚养育你们，你们不要惊慌害怕！”众獠人没有一个敢乱动。于是卫文昇向他们陈述利害关系，獠人的首领受到感动，撤兵离去，前后归附的獠人有十多万口。隋文帝非常高兴，赏赐他二千匹细绢。壬辰日，任命卫文昇为遂州总管。
潮州、成州等五州的獠人反叛，高州酋长冯盎骑马前往京师，请求讨伐叛獠。隋文帝命令杨素和冯盎讨论叛贼的形势，杨素感叹说：“没想到蛮夷中竟然有这样的人才！”立刻派遣冯盎征调长江、岭南的军队攻打叛獠。叛乱平定后，任命冯盎为汉阳太守。
隋文帝下诏任命杨素为云州道行军元帅，长孙晟为受降使者，率领启民可汗向北攻打步迦可汗。
到了公元602年，突厥思力俟斤等人向南渡过黄河，劫掠启民可汗的部众六千人口、各种牲畜二十多万头后离去。杨素率领各路军队追击，转战六十多里，大败突厥军，突厥人向北逃窜。杨素继续进军追击，到了夜晚，追上突厥军，又担心他们逃跑，于是命令骑兵稍微落后，亲自带领两名骑兵和两名归降的突厥人，与突厥军并排行进，突厥人没有察觉；等到突厥军扎营还没稳定下来时，杨素催促后面的骑兵突然袭击，大败突厥军，将劫掠的人畜全部夺回，将他们归还给启民可汗。从此突厥人远远逃走，沙漠以南不再有侵扰掠夺的事情发生。杨素凭借功劳，其子杨玄感被晋升为柱国，杨玄纵被赐予淮南公的爵位。
兵部尚书柳述，是柳庆的孙子，娶了兰陵公主，依仗宠信，意气用事，连杨素等人都要屈居于他之下。隋文帝问符玺直长、万年人韦云起：“外面有不方便的事情，可以说出来。”当时柳述就在身边侍奉，韦云起上奏说：“柳述骄横豪放，从未经历过世事，军事机要这样的重要职务，不是他所能胜任的。只因为他是公主的丈夫，就占据重要职位。我担心众人议论陛下‘任官不选择贤才，专门偏爱自己亲近的人’，这也是很大的不方便。”隋文帝非常赞同他的话，回头对柳述说：“韦云起的话，是你的良药，你可以把他当作老师和朋友。”秋季，七月丙戌日，隋文帝下诏：命令朝廷内外的官员各自举荐自己了解的人才。柳述举荐了韦云起，朝廷任命他为通事舍人。
益州总管、蜀王杨秀，容貌魁梧英俊，有胆量和气魄，喜好武艺。隋文帝常常对独孤皇后说：“杨秀最终一定会因为作恶而死，我在世时他不会有什么顾虑，到了他兄弟执政时，他一定会谋反。”大将军刘哙讨伐西爨时，隋文帝命令上开府仪同三司杨武通率领军队继续进军。杨秀任命宠臣万智光为杨武通的行军司马。隋文帝认为杨秀任用的人不称职，便责备了他，并且对群臣说：“破坏我的法度的，是我的子孙。就像猛虎，其他动物不能伤害它，反而被身上的小虫损害侵蚀。”于是分割了杨秀统领的部分兵力。
自从长史元岩去世后，杨秀逐渐变得奢侈逾矩，制作浑天仪，抓捕了很多山獠充当宦官，车马服饰，都模仿皇帝的规格。
等到太子杨勇因为谗言被废黜，晋王杨广被立为太子，杨秀心中非常不满。太子杨广担心杨秀最终会成为后患，便暗中命令杨素寻找他的罪过并诋毁他。隋文帝于是征召杨秀入朝，杨秀犹豫不决，想要称病不去。总管司马源师劝谏他，杨秀脸色一变说：“这是我家的事情，和你有什么关系！”源师流泪回答说：“我有幸担任王府的幕僚，怎敢不尽心尽力！圣上有诏书征召大王，已经拖延了几个月，如今还迟迟不去。百姓不了解大王的心意，倘若产生疑虑议论，朝廷内外都会感到震惊疑惑，圣上降下雷霆般的诏书，派遣一名使者前来问责，大王如何为自己辩解？希望大王仔细考虑！”朝廷担心杨秀发动变乱，戊子日，任命原州总管独孤楷为益州总管，乘驿车迅速前往接替杨秀。独孤楷到达后，杨秀仍然不肯出发；独孤楷劝说了很久，杨秀才上路。独孤楷察觉杨秀有后悔的神色，于是部署军队防备；杨秀走了四十多里，想要返回袭击独孤楷，侦察到独孤楷已有防备，才停止行动。
八月甲子日，独孤皇后去世。太子杨广在隋文帝和宫女面前悲痛欲绝，好像无法承受丧母之痛；但他在自己的住处，饮食谈笑却和平时一样。另外，他每天在朝堂上让人进献两溢米，私下却让人从外面取来肥肉、肉干和腌鱼，放在竹筒里，用蜡封口，用包袱包裹后送进宫中。
着作郎王劭上书说：“佛经上说：‘人应当往生天上或者往生无量寿国的时候，上天和佛祖会放出大光明，用香花和歌舞乐师前来迎接。’大行皇后的福分善行和吉祥征兆，各种秘记中都有记载，都说她是妙善菩萨转世。我查考到八月二十二日，仁寿宫内再次降下金银花；二十三日，大宝殿后面在夜间出现神光；二十四日卯时，永安宫北面自然响起各种音乐，响彻天空；到了夜里五更时分，皇后安然入睡，随后升天而去，这些都和佛经上所说的事情一一应验。”隋文帝看后既悲伤又喜悦。
闰月，甲申日，隋文帝下诏命令杨素、苏威和吏部尚书牛弘等人修订五礼。隋文帝让上仪同三司萧吉为独孤皇后选择墓地，萧吉找到一块吉祥的地方，说：“占卜预示国运二千年，占卜预示帝位二百世。”隋文帝说：“吉凶由人决定，不在于墓地。高纬埋葬他的父亲，难道没有占卜吗！不久后国家就灭亡了。就像我家的墓地，如果说不吉祥，我就不会成为天子；如果说吉祥，我的弟弟就不会战死沙场。”但最终还是听从了萧吉的建议。萧吉退下后，告诉族人萧平仲说：“皇太子派宇文左率（宇文述）深切感谢我说：‘您之前说我会成为太子，最终果然应验，我永远不会忘记。如今占卜陵墓，务必让我早日登基。我登基之后，一定会用富贵报答您。’我对他说：‘四年之后，太子就会执掌天下。’如果太子掌权，隋朝大概就要灭亡了！我之前欺骗说‘占卜国运二千年’，其实是指‘三十’年（“二千”二字的笔画相加为三十）；‘占卜帝位二百世’，是指皇位传两代（“二百”指二世）。你要记住这件事！”
壬寅日，将文献皇后安葬在太陵。隋文帝下诏说：“杨素办理安葬事宜，努力寻找吉祥之地，考虑到他的这片心意，极为忠诚孝顺，这份功劳难道能和平定叛乱、抵御敌寇相提并论吗！可以另外封他的一个儿子为义康公，食邑一万户。”同时赏赐杨素三十顷田地、一万段绢帛、一万石粮食，以及数量相当的金银珠宝、绫罗绸缎。
蜀王杨秀到达长安，隋文帝见到他，没有和他说话；第二天，派使者严厉责备他。杨秀谢罪，太子杨广和各位藩王都在庭院中流泪谢罪。隋文帝说：“不久前秦王杨俊浪费财物，我用父亲的道理教导他。如今杨秀残害百姓，应当用君主的道理来制裁他。”于是将杨秀交给执法官员处理。开府仪同三司庆整劝谏说：“庶人杨勇已经被废黜，秦王杨俊已经去世，陛下的儿子不多了，何必做到这个地步！蜀王性格非常耿直，如今受到重责，恐怕无法保全自己。”隋文帝大怒，想要割掉庆整的舌头，并且对群臣说：“应当将杨秀在闹市斩首，来向百姓谢罪。”于是命令杨素等人审理杨秀的案件。
太子杨广暗中制作了一个木偶人，捆住了它的双手，并在胸口钉上钉子，还给他戴上枷锁镣铐，上面写着隋文帝和汉王杨谅的名字，还写着“请求西岳慈父圣母派神兵收走杨坚、杨谅的魂魄，让他们像这样不得安宁”。然后秘密将木偶人埋在华山下，杨素派人挖了出来；又说杨秀胡乱编造图谶预言，声称京城有妖异之事，还伪造蜀地的吉祥征兆；另外还写了一篇檄文，上面写着“指日问罪”，将其放在杨秀的文书中，并将这些都上报给隋文帝。隋文帝说：“天下难道有这样的事情！”十二月癸巳日，下诏废黜杨秀为庶人，将他囚禁在内侍省，不许他和妻子儿女见面，只派两名獠人婢女侍奉他，受牵连被治罪的有一百多人。杨秀上奏表忏悔谢罪说：“希望陛下施以慈恩，给予怜悯，在我残命未尽之时，希望能和儿子瓜子见面；请求赐我一块墓地，让我的骸骨有地方安葬。”瓜子是杨秀的爱子。隋文帝于是下诏列举杨秀的十条罪状，并且说：“我现在不知道杨坚、杨谅是你的什么亲人？”后来才允许杨秀和他的儿子住在一起。
起初，杨素曾经因为一点小过失被隋文帝下令送到南台，命令治书侍御史柳彧审理他。杨素依仗自己的尊贵地位，坐在柳彧的坐床上。柳彧从外面进来看到后，在台阶下手持笏板，整理好衣冠，对杨素说：“奉陛下的命令审理您的罪过！”杨素连忙下床。柳彧坐在案前，让杨素站在庭院中，盘问案件情况。杨素因此对柳彧怀恨在心。蜀王杨秀曾经向柳彧索要李文博撰写的《治道集》，柳彧给了他；杨秀送给柳彧十名奴婢。等到杨秀获罪，杨素上奏说柳彧作为内臣结交诸侯，应当将柳彧削职为民，发配到怀远镇戍边。
隋文帝派司农卿赵仲卿前往益州彻底追查杨秀的案件，杨秀的宾客所经过的地方，赵仲卿必定刻意罗织罪名，加以法办，受牵连被治罪的州县长官超过一半。隋文帝认为赵仲卿有能力，对他的赏赐非常丰厚。
过了很久，贝州长史裴肃派遣使者上书，说：“高颎凭借天生的杰出才能，作为开国元勋辅佐陛下，被众人嫉妒，以至于被废弃不用；希望陛下记住他的大功，忘记他的小过。另外，两名庶人（杨勇、杨秀）获罪已经很久了，难道没有悔改之心吗？希望陛下弘扬君主和父亲的慈爱，顾念父子天性的道义，给他们各自封一个小国，观察他们的所作所为：如果能够向善，再逐渐增加他们的封地；如果仍然不知悔改，再贬削也不晚。如今他们改过自新的道路永远断绝，愧疚后悔的心情无法显现，难道不令人悲哀吗！”奏章呈上后，隋文帝对杨素说：“裴肃关心我家的事情，这也是出于至诚。”于是征召裴肃入朝。太子杨广听说后，对左庶子张衡说：“陛下让杨勇改过自新，是想要做什么？”张衡说：“观察裴肃的意思，是想让杨勇像吴太伯、汉朝的东海王刘强那样（主动让贤）。”裴肃到达京城后，隋文帝当面告诉他杨勇已经无法挽回的意思，然后让他回去了。裴肃是裴侠的儿子。
杨素的弟弟杨约，以及叔父杨文思、杨文纪，族叔杨忌，都担任尚书、列卿等官职；杨素的儿子们没有立下汗马功劳，却位居柱国、刺史；杨家大肆经营产业，从京城到各地的大都会，府邸店铺、水磨、肥沃的田地和住宅，数不胜数；家中有奴仆几千人，后庭中穿着绫罗绸缎的妓妾有上千人；宅第豪华奢侈，规格模仿皇宫；亲戚、旧部下和官吏遍布朝廷的重要职位。杨素已经废黜了一名太子和一名藩王，权势因此更加显赫。朝臣中有违抗他的人，有的甚至被诛杀全族；有依附他或者是他亲戚的人，即使没有才能，也必定会得到提拔，朝廷上下都随风而倒，没有人不畏惧依附他。敢于和杨素对抗而不屈服的，只有柳彧、尚书右丞李纲和大理卿梁毘罢了。
起初，梁毘担任西宁州刺史，共任职十一年。当地蛮夷酋长都以金子多的人为豪杰，互相攻打掠夺，没有安宁的年份，梁毘对此感到忧虑。后来趁着各位酋长一起送金子给梁毘，梁毘把金子放在座位旁边，对着金子痛哭，并且对他们说：“这种东西饥饿时不能吃，寒冷时不能穿，你们因为它互相残杀，死伤无数，如今把它送来，是想要杀我吗！”因此一点金子也没有接受。于是蛮夷酋长们受到感化，不再互相攻击。隋文帝听说后，称赞梁毘的做法得当，便征召他担任大理卿，梁毘审理案件公正适当。
梁毘看到杨素专权，担心会成为国家的祸患，于是呈上密封的奏章说：“我听说臣子不能作威作福，否则会危害家族，祸乱国家。我私下看到左仆射、越国公杨素，受到的宠幸越来越隆重，权势日益兴盛，士大夫们都要看他的眼色行事。违抗他旨意的人，就像严霜在夏天降临一样遭受打击；迎合他旨意的人，就像甘雨在冬天降下一样得到好处；官员的荣辱由他的言语决定，朝政的废兴等待他的指示；他所亲近的都不是忠诚正直的人，所提拔的都是他的亲戚，他的子弟分布在各地，占据多个州县。天下太平的时候，他可能还会容忍，不会有别的图谋；一旦天下有变故，他必定会成为祸乱的开端。奸臣专擅大权，都是逐渐发展而来的，王莽凭借多年的积累获得权力，桓玄在朝代更替时奠定基础，最终王莽灭亡了汉朝，桓玄颠覆了晋朝的统治。陛下如果把杨素当作辅佐君主的重臣，我担心他的心思未必像伊尹那样忠诚。希望陛下借鉴古今的经验教训，酌情处置，使国家的大业永远稳固，天下百姓都能有幸安居乐业！”奏章呈上后，隋文帝大怒，下诏将梁毘逮捕入狱，并亲自审问他。梁毘极力陈述“杨素凭借宠信玩弄权术，率领军队的时候，杀戮无道。另外，太子杨勇、蜀王杨秀被废黜治罪的时候，文武百官没有不震惊恐惧的，只有杨素眉飞色舞、挥动手臂，面露喜悦之色，把国家的祸事当作自己的幸运。”隋文帝无法让梁毘屈服，于是释放了他。
此后，隋文帝也逐渐疏远猜忌杨素，于是下诏书说：“仆射是国家的宰相，不能亲自处理琐碎的事务，只需每隔三五天到尚书省一次，评论重大事务即可。”表面上表示优待尊崇，实际上是剥夺他的权力。杨素因此在仁寿末年，不再参与尚书省的事务决策。朝廷将杨约调出京城，担任伊州刺史。
杨素被疏远后，吏部尚书柳述更加受重用，代理兵部尚书，参与掌管机密事务；杨素因此憎恨柳述。
太子杨广问贺若弼说：“杨素、韩擒虎、史万岁都被称为良将，他们的优劣如何？”贺若弼说：“杨素是猛将，不是谋将；韩擒虎是斗将，不是领将；史万岁是骑将，不是大将。”太子说：“那么谁是大将呢？”贺若弼下拜说：“只有殿下您选择的人！”贺若弼的意思是自己可以担任大将。
交州俚人首领李佛子发动叛乱，占据越王故城，派遣他哥哥的儿子李大权占据龙编城，他的别部首领李普鼎占据乌延城。杨素举荐瓜州刺史、长安人刘方有将帅的谋略，隋文帝下诏任命刘方为交州道行军总管，统领二十七营军队进军讨伐。刘方军令严肃，有触犯军令的人必定斩首；但他爱护士兵，士兵有生病的，他亲自前往安抚慰问，士兵们也因此真心归附他。刘方的军队到达都隆岭，遇到叛军，将其击败。进军逼近李佛子的营地，先向他陈述祸福。李佛子感到害怕，于是请求投降，刘方将他押送到长安。
到了公元603年秋季，八月壬申日，隋文帝赐幽州总管燕荣自尽。燕荣性格严酷，随意鞭打身边的人，动辄达到上千下。他曾经看到路边的一丛荆棘，认为可以用来做刑杖，于是命令手下人将其取来，就用它来试探打人。有人自我陈述无罪，燕荣说：“以后你有罪的时候，就赦免你。”不久后这个人犯了罪，燕荣准备鞭打他，这个人说：“前几天我被鞭打，使君您答应我如果有罪就赦免我。”燕荣说：“无罪尚且要鞭打，何况有罪呢！”仍然像往常一样鞭打他。
观州长史元弘嗣调任幽州长史，担心被燕荣侮辱，于是坚决推辞。隋文帝下诏给燕荣说：“元弘嗣犯了应当鞭打十下以上的罪过，都必须上奏给我。”燕荣愤怒地说：“这个小子竟敢戏弄我！”于是派元弘嗣监管粮仓的粮食收纳，只要扬谷时发现一粒米糠或一粒瘪谷，都要处罚他。每次鞭打虽然不满十下，但一天之中，有时会达到三四次。这样过了几年，两人之间的怨恨越来越深。燕荣于是将元弘嗣逮捕入狱，断绝他的粮食，元弘嗣抽出衣服里的棉絮，混杂着水咽下去充饥。他的妻子前往皇宫喊冤，隋文帝派遣使者调查核实，使者上奏说燕荣暴虐无道，贪污受贿，声名狼藉；隋文帝将燕荣征召回京，赐他自尽。元弘嗣代替燕荣执政，他的残酷比燕荣还要严重。
九月壬戌日，朝廷下诏设置常平官。
这一年，龙门人王通前往皇宫，献上《太平十二策》，隋文帝不能采用，王通于是辞官回乡。王通在黄河、汾水之间讲学授徒，从远方前来求学的弟子非常多，朝廷多次征召他，他都没有应征。杨素非常敬重他，便劝说他出仕，王通说：“我有祖先留下的破旧房屋，足以遮蔽风雨，有微薄的田地，足以置办粥饭，读书谈道，足以自寻乐趣。希望明公您端正自身，治理天下，使时节和顺，年成丰收，我所得到的恩赐就已经很多了，不愿意出仕为官。”有人在杨素面前诋毁王通说：“他实际上是轻视您，您为什么要敬重他？”杨素以此询问王通，王通说：“如果您可以被轻视，那么我就有所得；如果您不可以被轻视，那么我就有所失：得失都在我自己，和您有什么关系！”杨素仍然像以前一样对待他。弟子贾琼询问如何平息诽谤，王通说：“不用辩解。”询问如何停止怨恨，王通说：“不要争斗。”王通曾经说：“不实行赦免的国家，刑罚必定公平；横征暴敛的国家，财富必定匮乏。”又说：“听到诽谤就愤怒的人，是谗言的孵化器；看到赞誉就高兴的人，是谄媚的媒介；断绝孵化器，除去媒介，谗言和谄媚就会远离。”大业末年，王通在家中去世，弟子们给他谥号为文中子。
突厥步迦可汗的部落发生大乱，铁勒仆骨等十几个部落，都背叛步迦可汗，归降启民可汗。步迦可汗的部众溃散，向西逃奔吐谷浑；长孙晟护送启民可汗，将他安置在沙漠口岸，启民可汗于是全部占有了步迦可汗的部众。