杨院判被下狱后，太医院大换血。凌云提拔了一批医正堂的弟子，充实到太医院的各个部门。陆明远任御药房总管，李文轩任外科主事，阿芷任药膳司主簿。
医正堂的规模也扩大了。凌云在京城外买了一块地，建了新的校舍，还开辟了药圃，种植各种草药。弟子们从最初的十二人，发展到一百多人。
这天，凌云正在新校舍给弟子们上课，忽见一个熟悉的身影站在门口——是陆明远的父亲陆文昭。
陆明远惊讶地站起来，您怎么来了？
陆文昭走到凌云面前，深深一揖：凌先生，多谢您为犬子正名。我……我来是想加入医正堂。
凌云连忙扶起他：陆大夫，您是前辈，怎么能屈尊来当弟子？
陆文昭摇头：我从前固执己见，以为新法无用。直到看到犬子用您教的针法救了人，才明白自己的错误。医道如流水，不进则退。我想跟您学新法，弥补过去的遗憾。
凌云感动不已：陆大夫，医正堂随时欢迎您。
陆文昭加入医正堂后，将自己的经验与新法结合，写出了《寒门医案集》，成为弟子们的必读书籍。
然而，平静的日子没过多久，新的危机又来了。
边境军营爆发，士兵们高烧不退，咳嗽不止，已有上百人死亡。杨院判的旧部掌管军中医官，用驱邪符安神汤治疗，毫无效果。
皇帝急召凌云：凌爱卿，边境疫情危急，你率医正堂弟子去支援！
凌云领命，带着陆明远、李文轩、阿芷，以及新研制的青蒿素，星夜兼程赶往边境。
到达军营时，只见营帐外躺着一排排奄奄一息的士兵。军医们束手无策，只能烧香拜佛。
凌先生，您可来了！ 军营统领哭着迎上来，再不想办法，这仗没法打了！
凌云立即投入救治。他发现，士兵们的症状与《瘟疫论》中记载的相似，是由蚊虫传播的疟原虫引起。
用青蒿素！ 凌云下令，每人每天服用两次，连续三天。
阿芷带着药童们熬药，李文轩用他的柳叶刀为高烧不退的士兵放血降温，陆明远则用银针刺激穴位，缓解症状。
三天后，奇迹出现了——士兵们的烧退了，咳嗽减轻了，陆续康复。
凌先生，您真是神医啊！ 军营统领激动地跪下，您救了全军将士的命！
凌云扶起他：是青蒿素救了他们，是实证救了他们。
然而，就在他们准备返京时，阿芷在整理药渣时发现了异常——军粮中掺杂着霉米！
先生， 阿芷拿着一粒霉米，脸色苍白，这霉米里有黄曲霉素，吃多了会致癌。杨院判的旧部，是想让士兵们中毒身亡！
凌云接过霉米，眼中闪过一丝寒光：看来，杨院判的余党，还没死心。
他看向边境连绵的群山，心中暗暗发誓：一定要铲除这些毒瘤，让医道的光明，照亮每一个角落。
阿芷发现的霉米，成了破案的关键。
凌云将霉米样本送到京城的格物司，请埃里克化验。埃里克用显微镜观察后，发现霉米中有一种黄色的霉菌，正是黄曲霉素。
这种毒素会导致肝癌，长期食用会致命。 埃里克对凌云道，军粮中的霉米，显然是人为掺入的。
凌云立刻上奏皇帝：陛下，边境军粮被人动了手脚，想置我军于死地。请派钦差大臣彻查！
皇帝大怒，派心腹太监前往边境调查。结果发现，军粮的采购、运输、储存环节，都有杨院判旧部的影子。为首的，正是杨院判的管家。
说！是谁指使你们的？ 钦差太监厉声喝道。
管家吓得魂飞魄散：是……是杨院判！他在狱中写信给我们，让我们在军粮中掺霉米，毒死士兵，嫁祸凌先生……
真相大白。皇帝下旨，将杨院判余党一网打尽，凌迟处死管家，赐杨院判鸩酒一杯。
边境疫情平定后，凌云率弟子返京。皇帝亲自出城迎接，赐杏林旌勇旗，表彰他们的功绩。
回到京城，凌云将边境疫情的案例写入《新医启蒙》，增加了瘴疫防治篇，详细讲解了青蒿素的用法和霉米的危害。
医正堂的名声，达到了顶峰。各地学子纷纷慕名而来，要求加入医正堂。凌云不得不扩建校舍，增加师资。
这天，凌云正在书房编写新书，忽见窗外飞来一只信鸽。他取下信鸽腿上的纸条，上面写着：西洋传教士带来新书，言及血液循环，与先生气血为轴之说相似。
凌云眼睛一亮。他知道，医道的发展永无止境，只有不断学习，才能不断进步。
他提笔在《新医启蒙》的序言中写道：医道如航海，前人指的方向是灯塔，但真正的航路，要靠自己去探索。愿我华夏医者，都能以实证为舟，以仁心为桨，驶向健康的彼岸。
窗外，十二棵银杏树的叶子已经金黄。秋风拂过，落叶纷飞，如同无数只金色的蝴蝶，在阳光下翩翩起舞。
医正堂的故事，还在继续。而中医革新的浪潮，才刚刚开始。